В первый год правления Михаила налоги собирали лишь за прошлые годы. Зажиточных людей просили добровольно жертвовать любые суммы. Но на следующий год по решению Земского собора были введены чрезвычайные налоги — «пятины», составлявшие пятую часть всего имущества, правда, не для всех сословий, а только для торговых людей. Через три года «пятина» становится обязательной для всего посадского населения. На четвертый год «пятина» — уже налог для всего населения. Сбор прежнего посошного налога, учитывавшего размер пашенной земли, был невозможен, поскольку многие местности запустели.
Кроме основных прямых налогов, было много дополнительных: «стрелецкие деньги» — на содержание стрельцов, «мостовщина» — плата за перевоз по мосту, «мытные сборы» — плата за ввозимые товары на заставах, сбор даточных людей — выделение людей либо для военных походов, либо для строительных работ и многие другие.
Наиболее тяжелый удар Смута нанесла по сельскому хозяйству. Грамоты с мест показывали, что в 1613–1617 гг. в западных районах распахивалось только 5 % земельных угодий, в восточных — 17 %. Численность же сельского населения очень уменьшилась и восстановилась только в 20‑х гг. XVII в.
В землевладении царила большая неразбериха, поскольку каждый властитель Смутного времени раздавал земли врагов своим приближенным. Чтобы навести порядок в этом вопросе, по царскому указу размер земельных владений для всех, кроме членов Боярской думы, был ограничен 1000 четвертей. В 1614 г. был издан указ о сыске беглых крестьян, покинувших владельцев с 1 сентября 1605 г.
Все мероприятия по подъему экономики приходилось осуществлять в очень сложной внешнеполитической ситуации. В 1613 г. отряды А. Гонсевского разорили Торопецкий уезд. Вольные казаки опустошили Олонецкий уезд и города Романов, Углич и многие земли на Севере. Под Брянском, Орлом и Карачевом разбойничал А. Лисовский. И. Заруцкий огнем и мечом прошелся по Рязанщине. Только под Воронежем царским войскам удалось нанести ему ощутимый удар и заставить отойти на юг. Там в Астрахани он вместе с Мариной Мнишек создал свое царство и даже вознамерился отойти от Русского государства под протекторат персидского шаха. Кроме того, Заруцкий рассылал по казачьим станицам «прелестные грамоты», приглашая казаков на службу, чтобы вместе грабить русские земли.
Для правительства Михаила был опасен даже не сам Заруцкий, сколько его влияние на неустойчивую казачью среду. Привлекая казаков на свою сторону, он мог вновь дестабилизировать ситуацию в стране. Поэтому по инициативе Михаила по всем городам были разосланы грамоты, сообщавшие о новом законном правительстве, вернувшем людям прежний порядок, тишину и спокойствие и «злодейских неправдах» Ивашки Заруцкого с «еретичкой и люторкой» Маринкой, которые вновь желают «пролить христианскую кровь и начать междоусобную войну».
Грамоты подготовили благоприятную почву для борьбы с «астраханскими» царями. В мае 1614 г. жители Астрахани, узнав о приближении царских войск, восстали против И. Заруцкого и Марины и заставили их бежать на р. Яик (Урал). Войско князя И. Одоевского вошло в город без всякого боя. За беглецами отправили небольшой отряд стрельцов, который обнаружил их на Медвежьем острове. Под сильным конвоем их отправили в Москву.
Там состоялся боярский суд, приговоривший И. Заруцкого и сына Марины Ивана к смертной казни. Марину заточили в башне, где она вскоре умерла. Сторонники Заруцкого были прощены и взяты на царскую службу. Это очень подняло авторитет молодого царя в казачьей среде. Смерть астраханских властителей положила конец затянувшейся авантюре Лжедмитриев, 10 лет сотрясавшей устои Русского государства. Но ее последствия ощущались еще несколько десятилетий.
Если на юге к середине 1614 г. казаки успокоились, то на севере казачьи банды атамана Баловня наводили страх на жителей Вологодского, Каргопольского и Белозерского уездов. Понимая, что «ворами» являются свои же русские люди, царь решил отправить к ним представителей духовенства и разных чинов, чтобы те уговорили их «отстать от воровства и перейти на царскую службу».
1 сентября 1614 г. от Земского собора в Ярославль была направлена представительная организация во главе с архимандритами Герасимом и Авраамием для переговоров с казаками. Они смогли уговорить часть казаков влиться в отряд воеводы Вельяминова и направиться против шведов. Но некоторые смуитяны не захотели подчиниться царю и сначала осадили Вологду и Ярославль, а весной 1615 г. подошли к Москве. Все это заставило активизироваться царского воеводу князя Б. М. Лыкова. Он отогнал казаков от Вологды, а в июле разгромил отряды Баловня под Москвой. Руководителей восстания казнили, а простым казакам вновь предложили поступить на царскую службу. Со 2‑й половины 1615 г. стала проводиться перепись всех вольных казаков, распределение их по гарнизонам, наделение землями и денежными окладами. Эта политика позволила к 1619 г. покончить с беспорядками, устраиваемыми вольными казаками, так же, как и с ними самими.