Озабоченный тем, что слабый и неэффективный механизм государственного управления явно тормозит ход экономических реформ, Путин выдвинул идею восстановления и укрепления «вертикали власти». Прежде всего, используя колоссальный уровень доверия к власти, новый президент попытался распространить свою власть на регионы, с тем чтобы расчистить поле для продолжения структурных реформ. Кремлевские аналитики давно искали способы укрощения своевольных губернаторов. Однако в ельцинскую эпоху все эти проекты так и остались на бумаге — первому президенту России губернаторы были нужны как буфер между исполнительной властью и оппозиционной Госдумой. С избранием Путина назревшая идея реформирования государственной власти получает реальное воплощение. Уже в середине мая 2000 г. президент направил в Думу Закон о новом порядке формирования Совета Федерации, а также поправки к законам «Об общих принципах организации законодательных и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ» и «Об общих принципах организации местного самоуправления в РФ». В результате губернаторы потеряли представительство в Совете Федерации, а вместе с ним и депутатскую неприкосновенность. Более того, при определенных условиях президент может отстранять их от должности. Практически одновременно с этими законами Совет Федерации утвердил вторую часть Налогового кодекса, которая существенно урезала финансовую самостоятельность региональных лидеров, отобрав у них часть бюджетных поступлений. Чтобы придать «вертикали власти» уже совсем невиданную жесткость, Путин своим указом поделил Россию на семь федеральных округов и в каждый назначил своего представителя. Одновременно всех губернаторов включили во вновь созданный Госсовет, который получил исключительно совещательные полномочия; законодательные полномочия Совета Федерации к нему не перешли. Губернаторам и предпринимателям было указано место в новой политической системе — место лояльных и беспрекословных исполнителей. Построение «властной вертикали» неоднозначно было встречено в обществе. В связи с ее реализацией было высказано немало опасений о возможности превращения укрепления власти в самоцель.
Демонстративные действия властей в отношении холдинга «Медиа‑Мост» вызвали критику Путина со стороны прессы и либеральной части общества. В стремлении консолидировать общество «в форме отсутствия всякого инакомыслия» правые партии увидели вполне реальную угрозу свободе демократическим институтам и свободе слова.
Реформирование Путиным политической системы затронуло и партийное строительство в стране. В конце 2000 г. власть предложила проект нового Закона о партиях. Поскольку первоначальные планы создания в стране двухпартийной системы из «партии власти» и КПРФ оказались нереальными, власть решает «упорядочить» «партийную жизнь» в стране. За десять лет российского «партогенеза» произошло укоренение партий в российской жизни, партии сыграли большую роль в формировании и профессиональном росте думской элиты. В то же время партии фактически не участвовали в формировании исполнительной власти и оказывали весьма малое влияние на ее политический курс. Ущербность, неразвитость большинства российских политических партий делали их зависимыми, уязвимыми от различных влияний, а отсутствие реальной ответственности за программы и обещания фактически поощряли их на выдвижение популистских, заведомо нереальных обещаний. Еще одной чертой созданной в 1993 г. политической системы стало доминирование в Госдуме депутатов‑москвичей. Из шести фракций в Думе последнего созыва четыре носят явно «столичный характер»: у СПС, «Яблока» и ЛДПР большая часть фракций состоит преимущественно из москвичей. Лишь КПРФ смогла провести в Госдуму большое количество людей с мест. Поскольку партии лишь в малой степени участвуют в борьбе за власть, они плохо выполняют и другую функцию — выдвижение людей во власть на федеральном и региональном уровнях. Новый законопроект предполагает ужесточение требований к политическим партиям, что в первую очередь направлено на создание процедур финансовой прозрачности, содержательной определенности их программ и политической ответственности перед избирателями. Главная идея избирательной реформы состоит в том, что только партии, а не общественно‑политические организации, могут участвовать в выборах.
Целый ряд важных шагов в 2000 г. был сделан в военной сфере. Серьезные коррективы в планы военной реформы внесла гибель 12 августа 2000 г. атомной подводной лодки «Курск» — гордости отечественного флота. Эта общенациональная трагедия позволила и стране, и власти воочию увидеть всю остроту проблем, накопившихся в вооруженных силах, подтолкнула власть пойти на весьма значительное сокращение вооруженных сил в течение следующих трех лет, направляя высвобождаемые средства на решение социальных проблем военнослужащих и оснащение армии современным вооружением. Но и здесь остается множество проблем как с комплектованием войск, так и в области военного образования.