В начале июня десятитысячный авангард во главе с князем Д. Д. Холмским выступил в путь. За ним отправились полки во главе с известным воеводой князем И. В. Стригой-Оболенским и самим Иваном III. Уже в конце июня Холмскому удалось захватить Старую Русу и разбить несколько новгородских отрядов. Решающая битва состоялась 14 июля на реке Шелонь. Новгородское войско было полностью разгромлено. Вся боярская верхушка попала в плен. Потерпели поражение и новгородские полки, стоявшие на Двине.
Как видим, за каких-то 70 с небольшим лет московские силы настолько возросли и окрепли, что смогли за месяц сломить некогда грозного противника – Новгородскую республику. Согласно мирному договору, новгородцы признавали себя «отчиной великого князя», какие-либо самостоятельные сношения с иностранными державами, в первую очередь с Литвой, им запрещались. В управлении городом большую роль стали играть великокняжеские наместники и дворецкий. Многие северные волости перешли во владение Ивана III. За свои вины новгородцы были обязаны заплатить огромную по тем временам сумму в 16 тыс. руб. Четверо главных зачинщиков смуты были публично казнены, остальных под конвоем отправили в коломенскую тюрьму. Однако это было только началом окончательной ликвидации Новгородской республики.
Первоначально после победы над новгородцами Иван III не ликвидировал их городское самоуправление; остались и вече, и должность посадника. Однако внутренние раздоры в городе привели к тому, что часть жителей, недовольная самоуправством посадника Ананьина, обратилась с жалобами на него к Ивану III. Тот решил отправиться в Новгород «с миром», но со многими людьми, чтобы во всем разобраться. В конце октября 1475 г. он выехал из Москвы и уже у Вышнего Волочка был встречен жалобщиками. Новгородские власти во главе с архиепископом Феофилом постарались оказать великому князю всяческие почести и преподнесли множество даров. Не отстали от них и жалобщики.
26 ноября на Городище состоялся княжеский суд. Иван счел обвинения в адрес посадника и его сторонников справедливыми и приказал их арестовать и отправить в оковах в Москву. Кроме того, с них была взыскана огромная по тем временам сумма штрафа – 1500 руб.
Новгородцам понравился справедливый суд Ивана III, и с того момента многие из них стали ездить в Москву и просить там защиты от своих обидчиков. Однако оставались в городе и сторонники отделения Новгорода от Москвы и присоединения к польскому государству. В мае 1477 г. они подняли мятеж против сторонников великого князя и убили их. Великому князю они написали, что не желают называть его государем и тиунов его (т. е. судьей) к себе пускать не намерены.
Новгородские события заставили Ивана III вновь взяться за оружие и во главе войска отправиться наводить порядок в своей отчине. В октябре с четырьмя полками он выступил в поход. На всем пути к нему с подарками приезжали челобитчики, просившие принять их на службу. Выслали послов и новгородские власти. Им Иван III заявил, что пришел навести в городе порядок и от своего намерения не откажется, поскольку в городе слишком много изменников.
27 ноября московские полки расположились на льду озера Ильмень. Новгородцы решили пойти на уступки великому князю и отправили к нему послов. В ходе многодневных переговоров выяснилось, что Иван III ни о чем договариваться не хочет и твердо решил присоединить город к своему государству, т. е. ликвидировать в нем самоуправление и назначить свою администрацию. Новгородским властям пришлось с этим смириться, поскольку отстаивать свои вольности с оружием в руках они не могли: возглавлявший их рать князь В. В. Шуйский отказался им служить и перешел на сторону великого князя.
14 декабря было объявлено, что в Новгороде не будет ни веча, ни посадника, а вечевой колокол будет снят и отправлен в Москву. Но великий князь не будет лишать новгородцев их имений и земельных владений, самих же их не будет назначать на службу в столицу. Для содержания его администрации следует выделить половину волостей архиепископских и монастырских и все новоторжские (г. Торжка). Кроме того, все население обязано платить ежегодную дань по полгривны с сохи (соху составляли три пахаря с лошадьми).
15 января князь И. Ю. Патрикеев с четырьмя московскими боярами получил от новгородцев грамоту с 58 печатями о том, что они клянутся верно служить Ивану III. После этого князь стал приводить новгородцев к крестному целованию. Новыми наместниками были назначены князья И. В. Стрига-Оболенский и его брат Ярослав.
Стремясь искоренить крамолу, великий князь, кроме того, приказал схватить главных сторонников польского короля – М. Панфилова и М. Борецкую с несколькими горожанами. Их отправили в московскую тюрьму. Однако вскоре оказалось, что эта мера была явно недостаточной. Менее чем через два года наместники стали доносить, что владыка Феофил и некоторые знатные новгородцы ссылаются с польским королем Казимиром и хотят восстановить прежние вольности.