Довольно долго сохранял независимость верейский князь Михаил Андреевич. Он считал себя союзником Ивана III и активно помогал ему в борьбе с ордынцами. Более того, он даже породнился с великим князем через его вторую жену Софью Палеолог. Он, женил своего сына Василия на ее племяннице. В качестве подарков от тетки греческая княжна получила некоторые ювелирные украшения первой жены Ивана III. Узнав об этом, великий князь возмутился, но вместо того, чтобы наказать свою жену, он обрушился с опалой на ни в чем не повинного верейского князя Михаила Андреевича. Когда его сын Василий с женой бежали в Литву, тот лишился своего удела. В духовной грамоте он был вынужден написать, что свою отчину передает «господину и государю великому князю Ивану Васильевичу всея Руси». Этим он признавал права Ивана III считаться властителем всех русских земель.
Удачи в деле собирания земель привели к тому, что дремавшие до этого самодержавные устремления Ивана III стали проявляться все ярче и ярче. Особенно заметно это проявилось в его взаимоотношениях с братьями. В 1472 г., после смерти Юрия Дмитровского, он без всякого совета с остальными братьями присоединил его владения к своим. Среди них были такие стратегически важные и крупные города, как Можайск, Дмитров, Серпухов. Затем он заставил Андрея Угличского и Бориса Волоцкого подписать с ним договоры о том, что после его смерти они не будут искать великое княжение и отнимать его у его детей. Далее он решил наложить свое вето на переход служилых князей и бояр от одного удельного двора к другому. Отныне можно было переходить на службу только ко двору великого князя. Удельные же князья не имели права никого у себя привечать. Это вызвало возмущение у великокняжеских братьев Андрея и Бориса, и они даже задумали отъехать в Литву. Это было как раз накануне «стояния на Угре» против хана Ахмата. Объединившись, вместе с семьями и слугами, удельные князья двинулись в Великие Луки. Оттуда они отправили гонцов к Казимиру, прося помощи в ссоре с братом. Но великий князь литовский и польский король отказался быть посредником и лишь согласился принять княжеских жен и дать им в кормление Витебск. Тогда удельные князья направились в Псков. Там их сначала приняли с радостью в надежде, что они станут защищать горожан от Тефтонского Ордена. Но у братьев были иные планы. Они разрешили своим воинам грабить самих псковичей, отбирая продовольствие и ценные вещи.
В это время Иван III готовился сбросить ордынское иго и очень нуждался в союзниках против Ахмата. Узнав о его затруднениях, Андрей и Борис согласились помочь при условии, что, получат прибавку к своим владениям. Выбора у великого князя не было, и он согласился на уступки. Отряды удельных князей прибыли на Угру и существенно усилили русское войско.
Хотя после «стояния на Угре» Иван III и поделился с братьями своими землями, но тем недолго пришлось ими владеть. После смерти младшего брата Андрея Меньшого великий князь по завещанию получил все его владения. Это заставило его обновить договоры со средними братьями. С 1486 г. те уже не имели права пользоваться уделами кого-либо из умерших братьев, не могли претендовать и на Верейское княжество, Новгород, Псков, Тверь и Кашин, поскольку великий князь получил их «своим промыслом», по старшинству. В договоре вновь подчеркивалось, что удельные князья во всем должны были поддерживать великого князя и предоставлять в его распоряжение свои полки.
Но Андрей и Борис до конца не хотели осознать свою зависимость от старшего брата.
В 1491 г. Иван III приказал братьям послать свои войска на помощь своему союзнику – крымскому хану Менгли-Гирею. Но Андрей не подчинился и не отправил своих воинов, полагая, что русские люди не должны помогать татарам. Этим, как оказалось, он подписал себе приговор. По приказу великого князя его схватили и бросили в тюрьму. В конце 1494 г. в заточении он умер. Его сыновья разделили участь отца.
Борис Волоцкий умер своей смертью и даже смог передать удел сыну. Но тот уже никакой самостоятельной роли не играл и безоговорочно подчинялся Ивану III.