В 1488 г. Геннадий написал Ивану III о попах, которые не почитали иконы и весьма скептически отзывались о церковной организации. Однако, вопреки ожиданию, великий князь весьма прохладно отнесся к доносу на так называемых еретиков. Ему уже было известно, что они выступают против церковных богатств и ее земельных владений, которые представлялись Ивану III «лакомым куском». Поэтому объявленные еретиками попы Алексей и Денис были взяты в Москву и поставлены служить в кремлевские храмы. Здесь их взгляды нашли понимание среди образованной верхушки московского общества. Наиболее ярым их приверженцем стал государев дьяк Фёдор Курицын и даже великокняжеская сноха Елена, прозванная Волошанкой.
Однако Геннадий не сложил своего оружия. Он стал рассылать послания видным иерархам об опасности еретических верований и добился в 1490 г. созыва собора «на еретики». Во время разбирательств духовные судьи пришли к мнению, что еретики отрицают Троицу, божественную сущность Христа и его матери, иконы, крест и все связанные с ними догматы. Более того, вероотступники считали, что церковь и духовенство не нужны, поскольку сам человек – Церковь, сам может жить по 10 заповедями и «творить благие дела».
Получалось, что новые еретики были как бы последователями старых, т. е. стригольников. Поэтому Собор осудил еретиков и разрешил Геннадию наказать их по своему усмотрению. Тот не придумал ничего лучше, чем повторить обряд католической инквизиции: еретиков одели в шутовские одежды, посадили на лошадей задом на перед, надели на головы колпаки из бересты с надписью: «Се есть сатанино воинство», а потом колпаки подожгли. После такого наказания многие священнослужители умерли.
В Москве же новгородские просветители продолжали действовать. Они познакомили общественность с сочинением античных философов «Мудрость Меандра», с «Логикой» арабского ученого Аль-Газали, с астрологическим трактатом «Шестокрыл» и сочинениями других философов древности. Под их влиянием Фёдор Курицын написал «Лаодикийское послание», в котором проводил мысль о свободе воли, о важности грамотности и образованности для человека. Он осуждал грубые суеверия и «мирослужение», под которым подразумевал сребролюбие и низменные человеческие чувства.
Следует отметить, что умственные искания новгородских просветителей поддерживал даже митрополит Зосима, не веривший в некоторые церковные догматы. Но в 1494 г. ему пришлось оставить митрополию, возможно, не по своей воле. Иван III понял, что конфликт с церковью может существенно подорвать его авторитет и власть. Поэтому вскоре он охладел к просветителям и решил поддержать ортодоксальных церковников.
В конце 1504 г. в Москве вновь собрался церковный собор. Воинствующие церковники во главе с новым митрополитом Симоном и волоцким игуменом Иосифом потребовали смертной казни для тех, кого они объявили еретиками. С согласия великого князя на льду реки Москва построили клетку, в нее заключили Фёдора Курицына и двух его единомышленников и сожгли. Несомненно, что подобная казнь была предложена архиепископом Геннадием, который полагал, что образцом борьбы с еретиками должна стать испанская инквизиция.
Хотя с умственными исканиями начала века в Москве, казалось, было покончено самым варварским способом, они в дальнейшем не прекратились. Русские люди еще долгое время пытались осмыслить свое место в новом государственном образовании, его роль и значение во всемирно-историческом процессе и т. д. Но все это проявилось уже позднее, при сыне Ивана III и его внуке.
Сам Иван III очень интересовался историей своей династии, и, свергнув Ордынское иго, хотел занять высокое место в иерархии европейских государей. Поэтому в инструкции послу Ю. Д. Траханистову, направленному к императору Священной Римской империи Фридриху в 1489 г., он подробно охарактеризовал свою власть. Во-первых, поскольку он владеет многими землями, то государем считается великим, во-вторых, обладает по Божьей воле самовластием и делает то, что хочет, в-третьих, он наследник своих прародителей, которые были в любви и приятельстве с римскими императорами.
Несомненно, что Иван III на основе летописей хорошо изучил свое родословие, идущее от легендарного Рюрика. При этом он как бы опустил период подчинения Золотой Орде, поэтому постоянно утверждал, что он «Божиею милостию государь на своей земле изначала, от первых своих прародителей, и поставление имеет от самого Бога». Поэтому поставляться от кого-либо он не намерен, тем более от императора Священной Римской империи, который избирался на совете духовных и светских лиц и получил власть не от предков или от Бога, а от своих подданных.