Можно лишь предположить, что смерть старшего сына надломила Ивана Грозного, морально и физически. Поэтому сражаться за Ливонию сразу с двумя противниками он был не в состоянии. Русские дипломаты стали активно склонять Стефана Батория и шведского короля к заключению мирных договоров с царем. Поскольку польский король упрямился, пришлось прибегнуть к посредничеству папы Римского и его посла Антонио Поссевино. В итоге в 1582 г., после жарких споров в местечке Ям-Запольский было заключено перемирие на 10 лет. Полоцк и Ливония отходили к Речи Посполитой, но России возвращались Великие Луки и земли в их окрестностях (кроме Велижа). Через год удалось добиться мира и со Швецией. По Плюсскому перемирию, заключенному на 7 лет, царь отказывался от всех своих приобретений в Эстонии и Карелии. Таким образом, получалось, что двадцатилетняя Ливонская война, истощившая страну, не дала никаких результатов. Были утрачены даже те земли (в районе Иван-города), которые завоевали предки Ивана Грозного.
К 80-м г. XVI в. хозяйственное разорения Русского государства стало катастрофическим. Это зафиксировали новые писцовые книги, которые начали составлять в это время. В центральных уездах запахивалось лишь приблизительно 15 % земли, в районах Новгорода и Пскова, находившихся вблизи полей сражения, положение было еще хуже. Там осваивалось менее 10 % пахотной земли. Все остальное представляло собой пустоши. Становилось ясным, что государственные налоги платить почти некому. Были разорены не только черносошные крестьяне, но и мелкопоместные дворяне. Крупными вотчинниками оставались только представители высшей знати и монастыри, но последние имели много льгот и доходы казне не приносили.
Чтобы улучшить материальное положение дворян, главных воинских людей, правительство было вынуждено дать им льготы по уплате налогов, но при условии, что они будут распахивать всю пашню, расчищать пастбища и сенокосы и привлекать к себе пашенных людей. Для того чтобы крестьяне не меняли господ, стали вводиться «заповедные годы» (с 1581 г.), во время которых был запрещен выход в Юрьев день, правда, пока не на всей территории.
В последние годы правления Ивана Грозного кризис чувствовался повсюду: казна была пуста, армия разваливалась. Боярская дума бездействовала, а сам царь пребывал в состоянии нерешительности и неопределенности. Хотя его мятущаяся душа все время требовала перемен, дряхлеющее тело было на них неспособно.
По царскому требованию постоянно создавались росписи полков для военных походов, но сами походы не осуществлялись. Молодая жена Мария Нагая, родившая в октябре 1582 г. сына Дмитрия, перестала интересовать Ивана, и он задумал жениться снова. На этот раз ему непременно хотелось найти невесту в Англии. С этой страной у России были самые дружеские отношения и были налажены постоянные торговые контакты через порт на Белом море. Царь состоял в переписке с королевой Елизаветой и даже сначала вознамерился попросить ее руки. Но узнав, что она не столь уж молода и красива, передумал. По его просьбе ездившие в Англию дипломаты узнали, что у королевы есть племянница Мария Гастингс, молодая и красивая девушка. Именно ее и решил взять себе в жены стареющий монарх. В данном случае он явно переоценивал свои возможности и свое положение дряхлеющего и женатого в шестой раз мужчины. Правда, хитрые англичане прямо не отказали царю, желая получить от него торговые льготы. К нему даже был отправлен посол для переговоров о возможном браке.
Однако смерть Ивана Грозного, последовавшая 18 марта 1584 г. прервала этот фарс. По традиционным меркам, царь умер рано – в 53 года. Но бурная жизнь уже давно его истощила. По воспоминаниям современников, он выглядел настоящим стариком с не сгибающейся спиной, трясущимися руками, воспаленными и слезящимися глазами и страшно опухшими ногами. Изучавшие его скелет антропологи пришли к мнению, что из-за сильного отложения солей во всех суставах царь Иван был почти неподвижен. Кроме того, они обнаружили в его останках значительное количество ртути, которая и могла стать причиной смерти. Но вряд ли царь был умышленно отравлен. Ртуть могла входить в состав мазей, которыми растирали больные суставы, поскольку об ее ядовитых свойствах в то время еще не знали.
По мнению известного историка С. М. Соловьева, Иван IV умер от отравной болезни, вызвавшей гниение внутри и опухоль снаружи. Некоторые современники, преимущественно иностранцы, предполагали, что царь был убит – либо отравлен, либо задушен. Но эта версия представляется маловероятной, поскольку хорошо известно, что он тяжело болел в последние годы жизни. Чувствуя кончину, монарх разослал по монастырям грамоты, в которых просил отпустить ему все прегрешения, в наиболее крупные обители были сделаны огромные по тем временам вклады.