Шла уже вторая зима. С каждым месяцем становилось все тяжелее. Кончались продукты. Умирали израненные казаки. Теснее смыкалось вокруг них кольцо татар. Несколько раз казаки отбивали атаки отрядов Кучума. А весной Ермак решил оставить город и пробиваться вверх по Иртышу. Двигаться приходилось с боями. Располагаясь на одну из своих стоянок для отдыха, отряд попал в засаду. Здесь его давно уже ждало сильное войско Кучума. У Ермака же было всего 100 казаков. Однако они, отбиваясь, успели добежать до своих стругов и отчалили от берега. Атаманский струг отчаливал последним. Ермак прикрывал отступление своих товарищей, пока не был ранен и не упал в воду. Волны Иртыша сомкнулись над его головой.
Остатки казачьего отряда двинулись вниз по Иртышу на родину, а им навстречу уже спешили посланные царем воеводы с войсками. Началось освоение присоединенной Ермаком Сибири. Скоро в этих краях выросли русские города Тюмень, Тобольск, ставший столицей русской Сибири. Кучум, неоднократно разгромленный русскими отрядами, покинутый своими союзниками, постаревший и почти ослепший, в самом конце века был убит в южных степях.
Теперь восточные пределы России были сильно расширены уже окончательно. В её состав входили один за другим сибирские народы. Россия все более превращалась в евразийскую державу. Из Западной Сибири пошел поток драгоценной пушнины, рыбы, иных товаров.
В конце жизни у Ивана IV оставалось трое сыновей. Старший, Иван Иванович, в отличие от больного отца был полон сил и энергии. Он показал себя храбрым на поле боя и смышленым государственным деятелем. Интриганы при дворе нашептывали царю, что наследник любим народом, что все ненавистники царя надеются на его приход к власти. Это ещё более раздражало царя. Между отцом и сыном часто вспыхивали ссоры. Иван IV вмешивался в личную жизнь сына, оскорблял его жену и однажды побил её. Наследник вступился за честь жены и пытался схватить отца за руки. Тогда тот нанес сыну смертельный удар тяжелым, окованным железом посохом. Через некоторое время Иван Иванович скончался. Тем самым царь сам подсек на корню династию Рюриковичей.
У следующего его сына — болезненного и богомольного Федора (1557–1598) не было детей. А ещё один сын — малолетний Дмитрий (1582–1591) был рожден от седьмой по счету жены царя боярыни Марии Нагой и имел мало прав на трон. Таким образом, царь сам создал в государстве кризис власти и предпосылки для будущих схваток за престол.
Царь пережил убитого сына ненамного. В начале 1584 г. его здоровье ухудшилось, тело стало пухнуть. По Москве ходили слухи, что фавориты Ивана IV Вельский и Годунов изводят царя отравой.
Иван Грозный предложил находившемуся при нем Борису Годунову сыграть в шахматы. Царь и Годунов сели за столик. Рядом никого не было. Годунов остался с больным царем один на один. Вдруг раздался крик. Когда дворцовые слуги вбежали в палату, царь бездыханный лежал на полу.
После смерти Ивана IV царский престол перешел к его 27-летнему сыну Федору. Это был тихий и богобоязненный человек. Он ненавидел жестокость и насилие, предпочитал проводить время в молитвах, за книгами, в беседах с учеными монахами. Но бедой было то, что многое дела он передоверял боярам, любимцам отца, в первую очередь Вельскому и Годунову. Л ведь это были люди, которые выдвинулись при Грозном на опричных казнях, душегубстве, мрачных дворцовых интригах.
Сразу же после смерти монарха за спиной тихого Федора началась жестокая борьба за власть между фаворитами, различными боярскими группами. Все большее преимущество в этой борьбе получал напористый, энергичный, умный и беспощадный Борис Годунов. Он пользовался тем, что его сестра была женой царя и стремительно оттеснял своих соперников.
Вскоре Годунов добился устранения от дел Вельского. Опасность для всемогущего боярина представлял и маленький царевич Дмитрий. Ведь кому-то могла прийти мысль, что слабого и нездорового Федора можно заменить маленьким Дмитрием. А это означало бы, что влиянию Годунова мог придти конец. Наконец, после смерти болезненного Федора Дмитрий официально мог взойти на престол.
Дмитрия вместе с матерью услали из Москвы в Углич, который по старой традиции дали ему в удел. Годунов продолжал оттеснять от трона других родовитых бояр. Отправлены в ссылку братья Шуйские, а герой обороны Пскова Иван Шуйский в ссылке был умерщвлен. Потом наступила очередь бояр Романовых, родственников первой русской царицы Анастасии Романовой. Поставил Годунов своего человека и на высший церковный пост. В 1589 г. в России было утверждено патриаршество. Первым русским патриархом стал ставленник Годунова Иов.