Одновременно был образован корпус личной царской гвардии, телохранителей Ивана IV. Вскоре это опричное войско достигло пяти тысяч человек. В него входили люди, лично преданные Грозному. Опричники носили мрачную черную одежду. Всадники привязывали на шею лошади собачьи головы, а к крупу — небольшие метелки. Это означало, что они должны вынюхивать, выгрызать и выметать измену из страны.
Из взятых в опричнину земель доходы должны были поступать на содержание царского двора и опричного войска. Занимаясь опричной территорией, царь не упускал из поля зрения и земщину. Все важнейшие дела по другой части государства докладывались ему.
Цели опричнины выявились сразу же. Начались расправы с неугодными лицами. Одним из первых был казнен герой взятия Казани князь Александр Горбатый. С опричной территории выселялись многие бояре и дворяне и отправлялись под Казань. Представители старинных русских родов двинулись на поселения в неведомые им места. У Владимира Андреевича Старицкого поначалу отняли его удел и дали взамен другой, где у него не было опоры в людях. Все его сторонники были либо казнены, либо выселены.
В разгар опричнины царь собрал Земский собор, чтобы обсудить вопрос об отношениях с Ливонией. Большинство его участников высказалось за войну, особенно за это ратовали помещики, стремящиеся получить земли на западе, а также купечество, мечтавшее использовать в своих торговых интересах порты на Балтике. На этом Соборе группа дворян обратилась к царю с просьбой о ликвидации опричнины.
Результат Собора был закономерным: в 1567 г. новая русская рать отправилась в Ливонию. Но одновременно царь начал новые репрессии. Часть противников опричнины была казнена, других публично отстегали батогами. Одного из бояр царь посадил на царский трон и заявил ему: «Ты имеешь, что искал», а потом заколол его кинжалом.
Против опричнины выступил митрополит Филипп из семьи бояр Колычевых. Не боясь царя, он в своих проповедях в Успенском соборе обличал его насилие. Однажды царь вместе со своими верными помощниками-опричниками во главе с Малютой Скуратовым-Бельским, который стал главным опричным палачом, ворвался в собор с саблей наголо и припугнул митрополита. В другой раз опричник Алексей Басманов сорвал с Филиппа церковное облачение и выгнал из собора. Это было святотатство. Но оно не смутило царя. Вскоре митрополит был смещен с престола и отправлен в заточение в один из тверских монастырей. Многие его сторонники из числа церковных деятелей также пострадали. В дальнейшем Малюта Скуратов задушил бывшего митрополита в своей келье. Позднее церковь объявила митрополита Филиппа святым.
За гибелью митрополита последовали новые казни. Царь заставил Владимира Старицкого принять яд, погибла и вся его семья.
Особое место в истории опричнины занял поход опричного войска во главе с царем на Новгород в 1570 г.
Новгород, этот город былых вольностей, открытый Западу, был давно уже ненавистен царю. Он понимал, что его идеи самодержавной власти никогда не найдут здесь поддержку ни среди боярства, ни среди простых людей. И теперь корпус опричников двинулся на крамольный город. По пути опричники разгромили Клин, потом Тверь и Торжок. За собой они оставляли тысячи трупов, разоренные города, ограбленные дома.
В январе 1570 г. царь вступил в Новгород. К этому времени передовые отряды опричников уже ограбили здешние монастыри. Затем опричники начали хватать бояр, тех, кто был под подозрением, а потом уже всех без разбора. Людей топили в Волхове по нескольку сот в день. Новгородская округа была опустошена, зерно сожжено, скот уничтожен. Погибло много крестьян, ремесленников, купцов. Теперь обескровленный город навеки потерял свое значение в качестве соперника Москвы. Тысячи возов с награбленным имуществом сопровождали Ивана IV в обратный путь. Это была победа над своим народом. Такого Новгород не знал и при татарах. Карательные экспедиции потрясли также недавно захваченные Нарву, Иван-город, Псков.
Возвратясь в Москву, Иван Грозный предпринял ещё более устрашающие казни. На этот раз он решил расправиться с московскими приказными людьми, а также с пригнанными в Москву новгородцами. На одной из площадей Москвы было собрано 300 человек. Среди них находился видный дипломат, глава Посольского приказа, один из оставшихся в живых деятелей Избранной рады дьяк Иван Михайлович Висковатый. Часть из них Иван IV великодушно простил, а остальных, в том числе Висковатого, ожидала лютая казнь. Царь и его свита сами кололи их пиками и секли саблями головы беззащитных людей.