Некоторые князья и бояре выражали недовольство, что царь стал обращаться с ними, как с холопами. Ответом стали казни и опалы.
Положение осложнялось тем, что в ходе долгих войн, увеличения и перевооружения армии страна быстро разорялась, новые военные налоги тяжким бременем легли на плечи крестьян и горожан, среди которых начались ропот, недовольство. Многих из них царские слуги арестовывали, подвергали пыткам и казням.
Вновь ожили ереси. В то время как церковь твердила о богоизбранности православных русских, один из них, холоп Феодосии Косой, проповедовал равенство всех людей, народов, вер, общность имущества, неповиновение властям. Еретиков осуждали на церковных соборах, ссылали в дальние монастыри, казнили «лютой смертью». Многие из них, в том числе Косой, бежали за границу, где было свободнее и безопаснее.
В дополнение к этому с 1564 г. русские войска стали вновь терпеть в Ливонии одно поражение за другим. Крымский хан предпринял несколько дерзких набегов на южные русские земли. Царь и его новые приближенные во всем обвиняли старое боярство, бывших помощников царя. Бегство бояр в Литву продолжалось. Наконец, летом 1564 г. в Литву бежал князь Курбский. Позднее историки обнаружили, что князь, имея сношения с польско-литовским королем, давно уже замышлял побег. Из Литвы Курбский прислал царю письмо с обвинениями в кровопийстве, насилии, гордыне. Он осуждал его самодержавные замашки, нежелание советоваться с боярами, с «всенародными человеки». По существу, Курбский выступал за те порядки, которые утвердились во времена Избранной рады. В своем ответном письме царь отмел все обвинения князя и в свою очередь говорил о злодеяниях бояр и защищал принципы самодержавной власти.
А в Москве Боярская дума и духовенство твердо и открыто требовали от царя прекращения казней и восстановления нормального порядка управления. На все это царь ответил неожиданно.
В воскресный день 3 декабря 1564 г. москвичи наблюдали странную и устрашающую картину. Из ворот Кремля выехала длинная процессия; царь со своей семьей, свитой, охраной. Такие выезды были и прежде, но этот отличался мрачностью, загадочностью. К тому же царь увозил с собой драгоценности, царскую казну, старинные иконы.
После месяца путешествия по Московскому уезду царь прибыл в Александрову слободу, где находился хорошо укрепленный царский дворец. Оттуда он направил письмо митрополиту, в котором сообщал, что оставил Москву из-за изменников. Он перечислял все прегрешения бояр в период его малолетства и упрекал отцов церкви в заступничестве за этих злодеев. Особая грамота была направлена посадскому населению Москвы, всем «черным», т. е. простым, людям, в которой царь сообщал, что он ополчился на изменников — бояр, приказных людей, дворян, а на них, простых людей, зла не держит.
Через несколько дней в Москве прошла хорошо подготовленная заранее сцена. На городском собрании горожане просили царя возвратиться в столицу и покарать изменников, выражали готовность сами покарать злодеев. В ответном челобитье москвичей говорилось, что царь волен править страной «как ему, государю, годно» и предавать казни «изменников и лиходеев». Испуганные бояре повинились перед царем и признали его право казнить их или миловать.
Так началась растянувшаяся на несколько лет неограниченная диктатура Ивана Грозного, целью которой стали окончательная централизация страны, ликвидация уделов, искоренение боярского самовластия, а также всяческого инакомыслия, несогласия с царем и его идеями самодержавной власти. Одновременно его новые помощники просто расправлялись со своими противниками, с неугодными лицами, наживались на конфискации их имений, добра. Уничтожению подлежали все, кто когда-либо выступал против царя, чем-то обидел его в юности или в период болезни в 1553 г., когда часть боярства отказалась присягать его сыну. Под подозрение попали немало честных и преданных России людей — деятели приказов, воеводы, которые своими способностями и талантами задевали самолюбие Ивана IV. Таким образом, интересы государственной централизации и укрепления царской власти соединились с личной местью царя и его новых соратников окружавшим их людям, сведением личных счетов, далеких от интересов страны, обогащением одних за счет других.
Для этих целей царь и ввел систему опричнины, разделения всех земель государства на две части. Одну он забрал под свое личное руководство, учредив там свою Боярскую думу, приказы, войско. Назвал он эту часть страны опричной и его особой территорией. Слово «опричнина» происходит от древнего русского слова «опричь», что означает «кроме». Другая часть была названа «земщина», что означало остальную землю. Там сохранялось старое управление во главе со старой Боярской думой. В опричнину царь включил наиболее богатые и стратегически важные части страны. Сюда попали новгородские территории, земли по Волге, ключевые торговые пути, районы соледобычи, центральные уезды с обширными вотчинными и поместными землями, часть Москвы, а также пограничные земли на Западе.