Перемирие лишь на время приостановило военные действия. Для того чтобы выяснить настроение разных слоев русского общества касательно дальнейших отношений с Литвой, Иван IV созвал в 1566 г. Земский собор. Он дружно высказался за войну, тем более что на Балтике Россия уже захватила порт Нарву, и теперь надо было его удержать и завоевать новые порты. Это соответствовало и настроениям царя.
Но чем более воинственно вела себя Россия, тем крепче сплачивались её враги. В 1569 г. по Люблинской унии Польша и Литва стали единым государством, которое получило название Речь Посполитая, что в переводе с польского означает «республика». Это государство действительно было дворянской республикой, где короля выбирало польское дворянство — шляхта.
Военные действия чередовались с переговорами, но постепенно инициатива в Прибалтике переходит в руки противников России.
Не прекращались и набеги крымцев. В 1571 г. их войско дошло до Москвы и сожгло её. Царь в панике бежал в далекий Кирилло-Белозерский монастырь.
На следующий год хан повторил свой набег. К югу от Москвы развернулись многодневные сражения. Решающая битва произошла в 45 км от Москвы под селом Молоди. Русскими войсками командовал князь М. И. Воротынский. Он развернул полки вокруг подвижной крепости, которая преградила путь крымской коннице. Затем Воротынский добил крымцев. В битве погибли многие крымские военачальники, сын и внук хана. Главный воевода попал в плен.
Однако набеги крымцев продолжались, и они сыграли свою роль в исходе Ливонской войны.
Хотя в 70-е гг. русские вновь захватили всю Ливонию, польско-литовские войска в очередной раз сумели переломить ход войны. Во главе Речи Посполитой встал новый король, талантливый полководец Стефан Баторий (1533–1586). В союзе со шведами он нанес русским войскам ряд поражений, отбил Полоцк, перенес войну на территорию России и осадил Псков. Пять месяцев держали псковичи оборону, отбили несколько штурмов Стефана Батория.
Героическая оборона Пскова свела на нет все успехи польско-литовских войск, и Баторий пошел на переговоры. В 1582 г. Россия заключила десятилетнее перемирие с Речью Посполитой, а на следующий год — со Швецией.
Каков же результат более чем 20-летней войны? Россия потеряла завоевания в Ливонии, но Речь Посполитая вернула России все захваченные города. Огромные жертвы, гибель людей, разрушение хозяйства, потеря больших средств — все оказалось впустую. Борьба за выход к Балтике была отложена на долгие годы.
В начале 60-х гг. в личности царя произошли серьезные перемены. Они назревали давно: Иван IV не забыл унижений своего детства и боярского своеволия. Он по-прежнему считал крупных бояр своими врагами. Особенно это проявилось во время его тяжелой болезни в 1553 г. Думая, что умирает, царь написал завещание, в котором поручал царство только что родившемуся сыну — первенцу Дмитрию. Он потребовал от Боярской думы, от своих помощников по Избранной раде, от удельного князя Владимира Старицкого и его семьи, чтобы они присягнули на верность Дмитрию. Но многие бояре уклонились от этой процедуры, сказались больными, другие отказались присягать «пеленочнику» (т. е. младенцу). Им милее был взрослый спокойный, мягкий, рассудительный Владимир Старицкий.
Только под большим нажимом Ивана бояре нехотя, ворча, присягнули маленькому наследнику. Кое-кто из них, а также часть дворянства заявила, что присягают они Дмитрию, но не хотят служить боярам Захарьиным, т. е. родственникам царицы и Дмитрия. Все это очень напоминало сцены детских лет Ивана IV. Сам Владимир, хотя и принял присягу, начал собирать своих сторонников, одарять их деньгами, подарками, готовился к борьбе.
Потом царь выздоровел, а маленький наследник неожиданно умер во время поездки на богомолье в Кириллов монастырь, который находился на Белом озере. Нянька, выходя из ладьи, уронила его с мостков в воду. Ребенок утонул. Так царь лишился первенца. Наследником стал другой сын — Иван, родившийся у Анастасии на следующий год. Но царь не забыл этой печальной истории.
Именно в это время Иван IV окончательно пришёл к мысли о божественном происхождении своей власти, к идее неограниченного самодержавия. «Русские самодержцы изначала сами владеют своими царствами, а не бояре и вельможи, — говорил он. — Жаловать своих холопей мы вольны и казнить их вольны же».
Но сама русская жизнь не была готова к этим идеям Ивана Грозного. В ней сохранялось ещё многое из времен удельной Руси. Существовали и удельные князья. Крупные князья и бояре, хотя и стали государевыми слугами, имели свои военные отряды и шли на войну отдельно от остального войска. Остатки прежних вольностей сохранялись в Новгороде и Пскове. Существовала и Боярская дума как высокий совещательный орган при царе, а потом появился даже Земский собор. Все это противоречило идее Ивана Грозного о том, что он один является носителем неограниченной самодержавной власти в стране.