Тогда поляки решили задушить восстание огнем. Москву запалили с разных концов. Москвичи пытались сбить пламя, уничтожать поджигателей, но это не удавалось. Сильный ветер разметал огонь по всей Москве. Пылал центр, загорелось Замоскворечье. В дыму и огне поляки продолжали избивать москвичей, окружили и подожгли острожек Пожарского. Израненного князя соратники вынесли из боя и отправили в Троице-Сергиев монастырь. Оттуда смелого воеводу увезли в его вотчину — село Мугреево, что находилось в лесах под Нижним Новгородом.
Первое ополчение подошло к уже покоренному, задавленному, выжженному городу. Ополченцы начали сражение за овладение им.
К началу лета из-под Смоленска пришло известие о его падении. Штурмы не давали результата, и тогда пушечными ядрами поляки пробили брешь в слабой части стены, которая была указана одним предателем. Через пролом они пошли на приступ. Защитников в городе оставалось мало. Голод, жесточайшая цинга, потери убитыми и ранеными сократили их число, и все же весь день гарнизон мужественно отстаивал каждую улицу, каждый дом. Раненый воевода Шеин был захвачен в плен. Оставшиеся защитники и жители Смоленска, не желая сдаваться неприятелю, заперлись в соборе Святой Богородицы и взорвали себя. Это было 3 июля 1611 г.
Пользуясь отвлечением всех русских сил на освобождение Москвы, шведы захватили Новгород и новгородские земли. Они заставили новгородскую верхушку во главе с митрополитом заключить с ними договор о поддержке в качестве будущего русского царя шведского принца.
Для руководства освободительным движением первое ополчение выбрало правительство в составе князя Дмитрия Тимофеевича Трубецкого, предводителя казаков Ивана Мартыновича Заруцкого и воеводы Прокопия Петровича Ляпунова. Совет всей земли принял «Приговор», который определил ближайшие задачи движения. В первую очередь в «Приговоре» шла речь об интересах бояр-вотчинников и дворян-помещиков, о жалованье дворянству. В то же время «Приговор» предлагал убрать казацкие отряды из городов России, запретить казакам грабить и убивать людей, а в случае продолжения их разбоев и грабежей «казнить смертью». Уже это, а также то, что «Приговор» запрещал казакам занимать различные должности в земском управлении, взбудоражило их. Особенную же злобу вызвал пункт о сыске и возвращении к вотчинникам и помещикам беглых крестьян — ведь многие из них были в казацком лагере.
Кроме того, обострились и личные отношения между вождями первого ополчения. Ляпунов стремился играть в нем ведущую роль. Казаки несколько раз приглашали Ляпунова для объяснений по всем спорным вопросам, но он пришёл лишь после третьего приглашения. Горячий разговор закончился трагически. Казаки бросились на Ляпунова и зарубили его саблями.
Теперь дворяне остались без предводителя, их стан начал распадаться.
Но у первого ополчения ещё хватило сил осенью и зимой предпринять две попытки овладения Москвой. В сентябре, узнав о наступлении корпуса Ходкевича, ополченцы начали артиллерийский обстрел города, ворвались в Китай-город, но пушечный огонь с крепостных стен остановил их. Однако теперь кольцо осады вплотную пододвинулось к Кремлю. И лишь подход польских войск к Москве спас засевших там поляков. Ополченцы вынуждены были отвлечь силы на борьбу с Ходкевичем, и кремлевский гарнизон был спасен.
Сражение между ополченцами, в первую очередь казаками Заруцкого и корпусом Ходкевича, не дало перевес ни одной из сторон. Поляки отступили. Положение осажденных становилось тяжелым. Не хватало продовольствия, боеприпасов. Но их защищали мощные кремлевские стены. К зиме 1611 г. первое ополчение окончательно распалось.
И все-таки идея народного сопротивления не умерла. Она поднималась из глубин народа, её представляли люди разного общественного положения и достатка, те, кому судьба Родины была дороже личных привилегий, чинов, земель и золота.
Ведущая роль в мобилизации сил народа на борьбу с иноземными захватчиками, за возрождение российской государственности в это время принадлежала Русской православной церкви, в первую очередь патриарху Гермогену и монахам Троице-Сергиева монастыря. Из кремлевской темницы, тайком, через верных людей Гермоген посылал грамоты, которые распространялись по всей Русской земле. «Везде говорите именем моим», — писал он, призывая восстать против польских захватчиков за воссоздание государства под скипетром русского православного царя.
Новое движение за возрождение российского государства зародилось в Нижнем Новгороде, большом торговом и ремесленном городе, занимавшем ключевые стратегические позиции в Среднем Поволжье. Здесь после получения призывов патриарха и троицких монахов осенью 1611 г. горожане стали собираться на сходки, где все чаще раздавались призывы к спасению русского государства и православной веры. Безусловным лидером зарождавшегося движения стал уже немолодой нижегородский посадский житель, земский староста, торговец мясом Кузьма Минич Минин.