Чувствуя ещё слабость своей власти, правительство Михаила, особенно в первые послесмутные годы, опиралось на Боярскую думу и Земские соборы. Этот выборный орган собирался довольно часто для решения важных государственных дел — установления новых налогов, вопросов внешней политики. Такой постоянный совет с «землей» укреплял авторитет новой власти, позволял ей действовать решительней и жестче во всех делах управления.
Однако практика обращения к выборному органу не стала постоянной. Напротив, по мере укрепления власти нового царя, особенно после появления в Москве патриарха Филарета, Земские соборы стали собираться все реже, а во второй половине XVII в. вообще исчезли из российской государственной системы. «Земля» стала все больше и больше подчиняться самодержцу.
Все сильнее попадала под влияние царя и Боярская дума. Бояре скоро стали исполнителями воли самодержца, его различных поручений в приказах, различных комиссиях, в командовании войсками. Увеличилось количество приказов.
Была изменена и система местного управления. Вместо старых полунезависимых наместников правительство стало назначать в города и уезды на один-два года воевод, которые управляли при помощи приказных изб, а также местных выборных старост. Сделано это было с целью усиления центральной власти на местах и искоренения злоупотреблений и взяточничества.
Для восполнения оскудевшей казны правительство ввело ряд новых налогов, обратилось к богатым купцам с просьбой дать деньги взаймы, а к духовенству — уговаривать население жертвовать продовольствие на содержание армии.
Так российское государство, монархическая власть благодаря поддержке всех слоев народа в тяжелое для страны время из Смуты вышло более сильным, чем было прежде. И скоро народ ощутил на себе всю давящую силу этого укрепившегося государства.
Конечно, первой заботой нового правительства стало умиротворение страны. Трудно было говорить о стабилизации жизни, когда по всей России бродили никому не подчинявшиеся казацкие отряды, шайки разбойников, польские отряды. Известный авантюрист Лисовский воевал в центральных уездах страны, и Пожарскому поручили уничтожить старого врага. Только в 1615 г. он нанес шляхтичу несколько поражений, загнал его на юг, где тот и погиб.
От Рязани на Москву двинулся Заруцкий, пытавшийся в 1612–1613 гг. повторить путь самозванцев. Его знаменем был сын Марины Мнишек Иван. Однако царские воеводы оттеснили его на юг и под Воронежем разбили. Заруцкий, Марина Мнишек и трехлетний Иван были схвачены. Вскоре Заруцкого и Ивана казнили прилюдно на окраине Москвы. Заруцкого после жесточайших пыток посадили на кол, а Ивана повесили. Марина Мнишек была посажена в темницу, где умерла на следующий год.
Таким образом, юг страны был замирен. Но на севере продолжались волнения. Там, в лесных районах Вологодского, Белозерского и Каргопольского уездов страх на население наводил атаман Баловень со своими отрядами, которые достигали 5 тысяч человек. Казаки грабили города, разоряли и выжигали села и деревни. С ними начали переговоры, посылая духовенство с уговорами «отстать от воровства». За переход на службу к царю им обещали помилование и хорошее вознаграждение. Часть казаков ушла от атамана, но остальные двинулись на Москву, и лишь на самых подступах к столице их разбили царские войска. Баловень с группой соратников был схвачен и тут же повешен. Рядовых же казаков простили и зачислили на службу. Так кнутом и пряником правительство Михаила Романова подавляло один очаг казачьей вольницы за другим.
Лишь к началу 20-х гг. положение в стране стабилизировалось.
Войны с Польшей и Швецией.
Постоянному внутреннему напряжению в стране во многом способствовала и продолжающаяся война между Польшей и Россией. Сигизмунд III не признал выборов царя в Москве и по-прежнему считал Владислава законным московским государем.В 1613 г. русские полки двинулись на Запад. Воеводам удалось отбить для России ряд захваченных поляками городов и подойти к Смоленску. Но на большее разоренной стране не хватило сил. Начались длительные переговоры.
Одновременно было послано войско и на Новгород, но по пути воеводы потерпели поражение. Шведы захватили дополнительно ещё ряд русских городов и осадили Псков. Однако город благодаря мощным крепостным стенам отчаянно защищался. Положение шведов на захваченных землях было ненадежным из-за враждебного отношения населения. Планы создать на севере России зависимое от Швеции Новгородское государство становились все более зыбкими.
В это время русское правительство развернуло мощное дипломатическое наступление на своих соперников. В дружественные страны — Германскую империю, Англию, Голландию, Францию были отправлены посольства. И результаты быстро дали о себе знать. Германский император вызвался посредничать в мирных переговорах между Россией и Польшей, а английский король — между Швецией и Россией.