Началась борьба, возглавляемая якутскими князьями. Известен тойон Тынина, который нанес царским отрядам несколько поражений. Затем в ходе дальнейших боев и переговоров якутских вождей удалось склонить к поступлению на «государеву службу». Некоторые из тойонов получили титул «улусских князцов». Так силой, дипломатией, привилегиями царские посланцы постепенно овладели якутским краем. Центром русского влияния стал здесь Якутский острог, будущий Якутск.
Якутский острог стал теперь очередной базой, откуда снаряжались экспедиции служилых людей далее на восток, северо-восток и юго-восток Сибири. Одни отряды направлялись с Лены к Охотскому морю и далее к реке Амур, другие переваливали через Верхоянский хребет и шли в верховье на Яну и Индигирку и на среднее течение реки Колымы, третье направление — продвижение от устья Лены морем к устью Колымы. Со всех сторон русские разведчики-землепроходцы устремлялись в сторону Тихого океана.
Отряд Ивана Москвитина из Томска на рубеже 30–40-х гг. XVII в. в течение нескольких недель продвинулся по сибирским рекам в сторону побережья Охотского моря и первым достиг берега Тихого океана. Москвитин был поражен богатством края. Он писал, что леса были «собольные, зверя всякого иного», а реки «рыбные, а рыба большая… Столько её множество, только неводь запустить и с рыбою никак не выволочь».
Жившие здесь тунгусы не хотели мириться с прибытием в их край чужаков и много раз приступали с боем к стоянке русского отряда, но потом сила одолела силу, и тунгусы согласились платить ясак. Подчинив России эти места, Москвитин вернулся в Якутский острог.
Экспедиция Семена Дежнева в составе более 100 человек отправилась летом 1648 г. от уже освоенного русскими устья реки Колымы Северным Ледовитым океаном на Восток. Вышли они на семи небольших судах — кочах.
Дежнев стремился разведать новые, ещё неизвестные земли, выяснить, как далеко простирается материк на восток, найти новых плательщиков ясака. Но уже с первых недель плавания землепроходцев поджидала беда. Они попали в океанский шторм, часть судов погибла, а выбравшихся на берег людей перебили чукчи. И все же три коча во главе с Дежневым продолжали путь. Именно он первым дошел до северо-восточного выступа Азии, который местные жители называли «Большим каменным носом», и выплыл в воды Берингова пролива, отделявшего Азию от Америки. Позднее этот мыс на всех картах мира получил имя Дежнева.
Дежнев прошел проливом и тем самым совершил одно из крупнейших географических открытий XVII в.
В то время как английские и голландские мореходы в XVII в. открывали для мира Австралию, Новую Зеландию, Тасманию, множество новых островов в Тихом и Индийском океанах — тогда же, пробиваясь по сибирским просторам, по Северному Ледовитому океану, русские первопроходцы открывали миру пространства Сибири, неведомые острова в Ледовитом океане, прокладывали пути вокруг азиатского материка на юг.
Несколько ранее, в середине 40-х гг. XVII в., из Якутского острога ушла экспедиция на юг в сторону Амура. Её возглавлял Василий Поярков.
Отряд в 132 человека шел по сибирским рекам на юг. Зимой передвигались на нартах и делали передышки в зимовьях. Во время трудного пути от голода и болезней гибли люди. Тунгусское население враждебно встречало пришельцев. Наконец, Поярков достиг Амура. Край поразил его своим богатством, красотой и привольем.
Однако здесь жили никому не подвластные племена дауров и дючеров, которые враждебно встретили пришельцев.
Перезимовав на Амуре, сильно поредевший отряд Пояркова спустился на ладьях вниз по Амуру и выпел в Охотское море, а оттуда уже сушей вернулся обратно в Якутск. Это было очередное «кругосветное» сибирское путешествие русских землепроходцев, открывшее Приамурье для России.
Дело Пояркова продолжил через несколько лет Ерофей Хабаров. В 1650–1651 гг. он, выходя из Якутского острога, дважды появлялся на Амуре. А потом приступил к систематическому освоению края.
Хабаров прошел на судах весь Амур, построил в здешних местах укрепленный острог, неоднократно вступал в бой с местными жителями и в конце концов заставил их платить ясак.
Продвижение русских на Амур вызвало озабоченность манчжуров, которые в это время правили в Китае. Манчжурские отряды попытались выбить Хабарова из его крепости, но неудачно. Хабаров сумел сохранить присутствие русских в этом крае.
В течение всей второй половины XVII в. оба государства стремились сохранить за собой земли по Амуру. В результате в 1689 г. стороны заключили в недавно построенном городке Нерчинске, в Забайкалье, мирный договор. России удалось сохранить за собой Забайкалье и лишь верховья Амура, но пришлось отозвать свои отряды со спорных территорий. Долгое время границы этих территорий так и не были определены. Зато война кончилась, и между Россией и Китаем с этой поры стали быстро развиваться торговые отношения.