Однако жизнь Петра проходила вдалеке от двора, от большой политики. Лишь изредка его привозили в Кремлевский дворец на официальные встречи с иностранными послами, сажали на трон. И тогда он понимал все несоответствие между своей реальной жизнью и своим царским положением и достоинством. Все дела в государстве продолжала вершить Софья и её приближенные.
С годами это положение стало приводить в ярость подрастающего царя. Ему шел уже семнадцатый год. Его женитьба на юной красавице Евдокии Лопухиной, на чем настояла мать Петра, честолюбивая вдовая царица, сделала сына полностью легитимным монархом.
Часто после официальных церемоний между братом и сестрой вспыхивали острые перепалки. Сталкивались два неукротимых, честолюбивых характера. Между ними начиналась борьба за власть. Постепенно перевес склонялся в сторону Петра. Чувствуя, что Софья рано или поздно должна будет отдать власть, все большая часть Боярской думы, приказных деятелей начинают поддерживать Петра.
Сторонники Петра критиковали правительство Софьи — Голицына за якобы неудачные крымские походы, «Вечный мир» с Польшей и поддержку Мазепы на Украине, приверженность к отмене местничества, ослабление сыска крестьян. В эти летние месяцы 1689 г. «партия» Нарышкиных, по существу, выступала с традиционных старобоярских позиций. В этой среде непопулярны были обращенность России к Европе, веротерпимость.
К концу лета обстановка в Москве накалилась. В Кремле вызревал государственный заговор с целью устранить Петра. Но между сторонниками Софьи не было на этот счет единого мнения. Колебалась и сама царевна.
Все решил стихийный ход событий.
В ночь с 7 на 8 августа 1689 г. в Преображенское, где обитал Петр, прискакали два стрельца — сторонники Петра с известием, что Софья и Шакловитый вызвали стрельцов в Кремль и готовят нападение на Преображенское. До сих пор неизвестно, действительно ли имели место такие намерения.
Испуганный Петр прямо с постели в одном белье вскочил на неоседланную лошадь и в сопровождении Меншикова и близких друзей бежал в соседний лес. Вскоре ему привезли туда одежду, седло. В ту же ночь Петр поскакал в Троице-Сергиев монастырь под укрытие его стен.
Софья и Шакловитый заперлись в Кремле. В стране нависла напряженная тишина.
Первым выступил Петр. Из Троице-Сергиева монастыря в Москву поступил приказ всем стрелецким и солдатским начальникам явиться к Троице. Вскоре стрелецкие полковники потянулись к монастырю. Попытки "Софьи остановить их успеха не имели. Посланный на переговоры патриарх также остался у Петра. А вскоре из Москвы к законному монарху явились два его «потешных» батальона, обмундированные и снаряженные по последнему слову военного дела.
К концу августа члены Боярской думы, руководители приказов, стрелецкие полки также прибыли к Троице. Последними туда двинулись Голицын и Софья. Канцлера арестовали в пути, бросили в простую телегу и отправили в ссылку в далекий Каргополь, туда же выслали и его семью.
Софью остановили в дороге и заставили вернуться в Москву. Вскоре её заточили в Новодевичий монастырь. Главу Стрелецкого приказа Шакловитого и его близких сторонников силой привезли в Троице-Сергиев монастырь и после допросов и пыток казнили. Так с расправ и ссылок началось самостоятельное правление Петра I.
История России состояла не только из событий, происходивших в Москве, не только из борьбы за власть в Кремле, реформ, войн с соседними государствами. Эта история разворачивалась на необозримых просторах страны, где жили миллионы людей различных национальностей, входящих в состав России. Так было в прошлом, так происходило и в XVII в.
Разница лишь в том, что, во-первых, в это время территория страны значительно увеличилась. И все большее количество различных народов входило в состав страны. Россия становилась все более многонациональным государством.
Во-вторых, с каждым десятилетием жизнь нерусских народов, сохраняя свои национальные особенности, естественно вплеталась в жизнь всей страны, подчинялась её порядкам. Эти народы становились участниками общероссийских социально-экономических, культурных процессов.
С одной стороны, это приводило к развитию национальных районов страны, знавших ранее лишь племенной строй, традиционные лесные промыслы, охоту, рыболовство и отсталое земледелие. С другой — новшества ломали старые хозяйственные навыки, традиционный быт, культуру. Россия постепенно как бы перемалывала уклад жизни этих народов на общероссийский манер.
К тому же жизнь народов, особенно европейской России, все крепче стягивал обруч феодальных отношений, крепостнической зависимости, наступления на их земли бояр, помещиков, церкви, самоуправство воевод. Это вызывало недовольство нерусских народов. В отдельных районах вспыхивали волнения, восстания, которые порой носили антирусский характер.