Упоенные своей победой, стрельцы потребовали больших денежных выплат, и Софья обещала их осуществить. Часть денег была выдана восставшим в те же дни. Теперь стрельцы объявили себя «надворной пехотой», т. е. дворцовой гвардией. По их требованию на Красной площади был воздвигнут монумент с именами всех убитых «злодеев» и перечислением их преступлений. Не забыли стрельцы и о простом населении Москвы. Они провозгласили вольными всех холопов и уничтожили имевшиеся на них кабалы в Холопьем приказе.
Под давлением стрельцов 26 мая Боярская дума вместе с патриархом объявила первым царем Ивана Алексеевича, а Петра лишь вторым. Через три дня в связи с неготовностью царей управлять государством править страной было поручено царевне Софье. Она стала регентшей при своих братьях. Главой Посольского приказа и других связанных с ним учреждений был назначен князь Василий Васильевич Голицын, ставший, по существу, канцлером России. Он сосредоточил в своих руках не только внешнюю, но и внутреннюю политику страны.
В условиях ослабления единодержавной власти монарха вновь подняли голову бояре; Боярская дума, как в прежние времена, сосредоточила в своих руках значительную власть. С её мнением вынуждены были считаться и Софья, и Голицын.
Возродилась традиция Земских соборов. В 1683–1684 гг. правительство Софьи было вынуждено собрать выборных людей из дворян и совместно с Боярской думой и Освященным собором обсудить вопрос о войне с Турцией и Крымом.
Перед страной появилась возможность перехода к государственной системе по типу Польши — с сильной аристократией, выборным монархом, Земским собором — подобием средневекового парламента, который ограничивал всевластие королей. Василий Голицын объединил вокруг себя группу бояр и дворян, настроенных решительно на восстановление порядка в стране. Между ними были достигнуты соглашения, поделены все основные государственные должности.
Но проходила неделя за неделей, приближался август, а положение в столице оставалось неустойчивым.
В Москве установилось двоевластие: власть стрельцов, возглавляемых Хованским, и официальная власть регентши Софьи и её канцлера Голицына, Боярской думы, приказов. Такое положение дел не могло продолжаться долго. Софью убеждали нанести стрельцам решительный удар. Тем более, вокруг нового правительства сплотилось московское дворянство, служилые люди из окрестных городов. Но царевна колебалась. А Хованский вел себя все более вызывающе, посчитав, видимо, что власть к нему перешла всерьез и надолго.
В конце августа царский двор неожиданно и спешно покинул столицу и переехал в село Коломенское под охрану дворянских отрядов. Этим был брошен вызов стрелецкому всевластию. Стрельцы забеспокоились.
Через неделю путешествие по окрестным селам продолжилось. Двор остановился в селе Воздвиженском. Отсюда в Москву последовал приказ: всем должностным лицам прибыть к государеву двору. Бояре, окольничьи, думные люди, стольники, приказные потянулись к месту пребывания двора. Туда же двинулся и И. А. Хованский с сыном. Однако доехать до царского двора ему не удалось. На половине дороги, близ села Пушкина, его встретил посланный навстречу сильный отряд правительственных войск. Палатка, в которой отдыхал Хованский, была окружена, а его караул разогнан. Хованского схватили, тут же на дороге зачитали ему обвинительный акт и немедленно казнили. Вскоре расправились и с сыновьями князя.
Когда до стрельцов дошла весть о расправе над их начальником, они схватились за оружие. Захватили Кремль, заперли ворота, кругом расставили караулы, артиллерию.
А в это время царский двор прибыл в Троице-Сергиев монастырь, который представлял собой хорошо защищенную крепость. Монастырь был приведен в осадное положение. Руководителем всех правительственных сил Софья назначила Голицына. Князь призвал под стены Троицы всех дворян, способных владеть оружием. Боярско-дворянская Россия поднялась против стрелецкой анархии.
Через несколько дней стрельцы, лишившиеся своего предводителя и устрашившиеся правительственной армии, повинились и отдались на милость властей. Во главе дворянского ополчения Голицын вступил в Москву. Памятный стрелецкий монумент был снесен, стрельцы возвращались на свои прежние места и поклялись более не своевольничать. Правительница простила повинившихся повстанцев.
Несмотря на то что правительство взяло верх над непокорными стрельцами, положение в стране оставалось сложным. Кое-кто уже начинал поговаривать о том, чтобы в России, как и в Польше, в противовес самодержавию ввести «шляхетское правление». Такая возможность в период регентства Софьи действительно появилась. В истории России это был последний взлет боярского правления, которое через несколько лет исчезло под напором самодержавных устремлений Петра I.
Пока же Софья, Голицын, Федор Леонтьевич Шакловитый и их приверженцы стремились стабилизировать жизнь страны, продолжить реформы Федора Алексеевича, как бы это не нравилось сторонникам старины, среди которых оказались Нарышкины и патриарх.