Одновременно Милославские и их друзья попытались полностью отдалить от двора семейство Нарышкиных с малолетним Петром — сводным братом царя. Предлагалось их вообще выселить из дворца в дальнюю часть Кремля. На Федора оказывали давление, чтобы он устранил от дел главу Посольского приказа А. С. Матвеева, братьев Нарышкиных.
Согласившись со многими предложениями бояр, царь в конце концов снял с должности Матвеева и сослал братьев Нарышкиных. Однако Федор не позволял удалить из дворца Петра и его мать. Он был крестным отцом Петра, любил его, следил за его обучением и играми, именно Федор Алексеевич был первым, кто пристрастил Петра к военным забавам.
Постепенно Федор Алексеевич взрослел. Он по-прежнему оставался таким же болезненным и деликатным с виду, но в нем все тверже проявлялся истинно царский, самодержавный характер.
Практически с 1679 г., когда ему исполнилось 18 лет, он прочно взял власть в свои руки. Началась вторая, увы, очень короткая половина его правления, которая продолжалась четыре года. Но какими они оказались насыщенными! Что ни год — то новшество, повороты во внутренней политике, масштабные реформы, смелые проекты на будущее. Эти четыре года — до смерти царя в 1682 г. в возрасте всего 20 лет — стали важным периодом в истории страны, потому что во многом они предвосхищали реформы Петра I.
Вновь появился верховный орган, куда сходились все спорные вопросы из других приказов — Расправная палата. Она подчинялась непосредственно царю. Федор Алексеевич все чаще подписывает указы лично, без совета со старой Боярской думой. Сократилось количество приказов. Некоторые из них, в частности ответственные за военное дело, объединились под одним руководством. Царь установил часы работы центральных ведомств и требовал решать дела быстро и «безволокитно».
Царь со своими молодыми помощниками, среди которых были окольничий Языков, стольники братья Лихачевы, боярин и воевода В. В. Голицын, приступил к проведению важных реформ в военной, финансовой областях и в сфере центрального и местного управления.
Продолжалось формирование полков нового строя, разделенных на сотни и роты, во главе которых вставали иностранные военачальники. Некоторые из них позднее остались и при Петре. Все служилые люди государства были разбиты по территориальному признаку. Появилось девять военных округов, где комплектовались полки, которые в случае необходимости вливались в единую армию. Здесь же в армию определяли и «даточных» людей, которых были обязаны поставить из своих поместий дворяне. В дальнейшем эта линия получила развитие уже во времена Петра I. Всеми военными делами ведал глава объединенных военных приказов. Произошла подлинная централизация военного дела в стране.
В то же время правительство Федора Алексеевича всячески поддерживало собственность дворян на землю и право на эксплуатацию крестьян. Ряд указов все более сближал поместья с вотчинами. Для того чтобы добыть дворянам дополнительные земли, царь приказал создать против татарских набегов новую засечную черту, продвинув её глубоко на юг, а оставшиеся в тылу земли заселить людьми и отдать их помещикам. Усилился и ожесточился сыск беглых крестьян. В этой области жизни страны смягчения не предвиделось.
В финансовой области правительство Федора Алексеевича пошло на упрощение и сокращение налогов. Вместо многих прежних налогов, которые собирали различные приказы, давая простор вымогательствам и утаиванию денег, введен уменьшенный по общему размеру единый налог, так называемые стрелецкие деньги. Их исчисляли по просьбе населения подворно в зависимости от достатка людей «по животам». Теперь все прежние «льготники» были обложены налогом.
Реформировал Федор Алексеевич и местное управление. Власть воевод на местах была усилена, а их ответственность перед центром возросла. Многие учреждения власти и должности на местах были ликвидированы, а их функции переданы местным воеводам, в том числе судебные и другие дела. Теперь население зависело лишь от воевод. Прежде люди вынуждены были ублажать многих должностных лиц. Отныне их единственным начальником, в частности в отношении сбора налогов, становился воевода. Царь, конечно, знал, что воеводы грабят народ, берут взятки, расхищают государственную казну. Поэтому в указе о воеводском управлении говорилось, что, если кто-либо из воевод будет замечен «в самом малом взятке или корысти — и им быть за то в наказаньи». И все же круг взяточников и местных воришек сократился. Но таможенные сборы и другие пошлины были изъяты из воеводского ведомства. Их собирали «головы» и «целовальники», выбранные миром.
Так Федор Алексеевич, с одной стороны, укреплял центральную и местную власть. В то же время он пытался навести порядок в местном управлении, которое буквально высасывало из людей деньги и «корм».
На исходе своей короткой жизни, в 1682 г., Федор Алексеевич решился на поворотный для России шаг по пути к новой цивилизации — он отменил местничество. Все местнические документы и книги были торжественно сожжены перед царскими палатами.