Расхождение между отцом и сыном усилила насильственная женитьба Алексея на одной из немецких принцесс. Алексей противился этому браку, но Петр строил свои династические расчеты, и 20-летний царевич покорился. Через несколько лет принцесса умерла, оставив Алексею сына Петра Алексеевича, названного в честь деда.
Особенно резко разлад между отцом и сыном усилился после того, как в доме Петра появилась сначала любовница, а с 1711 г. жена — пленная литовская «портомоя» (т. е. солдатская прачка), красивая, смышленая и, как оказалось впоследствии, амбициозная и расчетливая Марта Скавронская, ставшая в России царицей, а затем императрицей Екатериной Алексеевной. Она оказалась с годами необходимой царю. Делила с ним зачастую все тяготы походной жизни. Петр безгранично доверял ей. Когда же Екатерина, кроме дочерей, родила ему сына Петра Петровича, то положение наследника, сына отвергнутой первой жены и постоянного «супротивника» Алексея сильно пошатнулось.
Постепенно три антипетровские силы стали объединяться, и Алексей, по существу, встал во главе заговора против царя.
В 1717 г., воспользовавшись отъездом Петра I в Европу, Алексей вместо того, чтобы ехать к нему по вызову в Копенгаген, бежал в Австрию. Это был дерзкий, решительный, продуманный шаг, подсказанный ему друзьями из окружения Петра. Они же помогли царевичу организовать побег.
Алексей появился инкогнито в Вене при императорском дворе, потом его переправили во владения Габсбургов в Неаполь. Из Неаполя Алексей обратился с письмом к Сенату и церковным иерархам. Он объяснял свой поступок и обличал политику Петра.
Петр был ошеломлен. Он послал своих лучших дипломатов за рубеж, чтобы урегулировать конфликт. От Австрии Петр потребовал выдачи царевича, но получил отказ. Однако венский двор, уверенный в антипетровской позиции Алексея, разрешил вступить с ним в переговоры представителям Петра. В Неаполь выехал опытный и хитрый Петр Андреевич Толстой в сопровождении гвардейского офицера.
В ходе длительных переговоров Алексей заколебался. Толстой передал ему, что в случае возвращения царь обещал сыну прощение и сохранение жизни. Толстой сумел заманить Алексея на корабль. Там переговоры должны были продолжаться. Но как только царевич спустился в каюту, фрегат снялся с якоря.
Уже на границе Алексей был арестован и вскоре предстал перед следствием. На его первом допросе в Москве присутствовал сам Петр. Алексей выдал часть своих сторонников. Тут же он по требованию Петра отрекся от претензий на трон и принес присягу маленькому царевичу Петру Петровичу.
В Москве и Петербурге начались аресты и новые допросы.
Следствие приняло большие масштабы. В застенках Москвы, а потом Петербурга сторонники Алексея выдавали все новые подробности антиправительственных действий. Вырисовывался настоящий антигосударственный заговор с целью устранения царя.
Первые казни заговорщиков были проведены в Москве. На плаху взошел Кикин, которого колесовали. За ним последовали некоторые другие знатные лица.
В июне 1718 г. Алексея перевезли из Москвы в Петербург и поместили в Петропавловскую крепость. К этому времени выяснилось, что во время московского следствия Алексей многое скрыл. Царь добивался от него все новых признаний, требовал назвать имена всех участников заговора, особенно его интересовала роль в этом деле первой жены и её родственников. На первом же допросе в крепости с применением пыток — дыбы и плетей — присутствовал царь в окружении своих сподвижников — Меншикова, Толстого, Апраксина и других. Под пытками Алексей дал новые сведения. Допросы и истязания продолжались десять дней. Затем суд огласил приговор: смертная казнь. Царь этот приговор не опротестовал и тем самым нарушил клятву, данную сыну перед его возвращением на родину.
Однако казнь не состоялась. Не выдержав истязаний, царевич скончался в своей камере. По другим сведениям, накануне казни по приказу Петра он был задушен, чтобы не позорить династию ужасной расправой.
Судьба жестоко отомстила царю… На следующий год скончался четырехлетний наследник — маленький Петр. Царь был безутешен.
Несколько дней он не показывался на людях и отказывался принимать пишу. Через три года, в 1722 г., он издал указ о престолонаследии, в котором оговорил право самодержца самому назначать наследника. Это было не случайно — ведь подрастал сын царевича Алексея Петр Алексеевич. Монарх был ещё жив, но борьба за царский трон уже началась.
Превращение России в великую державу, провозглашение её империей повлекло за собой ряд новых внешнеполитических шагов России. У великой державы проснулся великий аппетит. Так, у России все больше разгорается интерес к юго-восточному направлению, Каспийскому побережью, овладению путями в богатые восточные страны, в Индию, Китай, а также к важному ключу на этих путях — Кавказскому перешейку.
Этот район привлекал внимание не только России, но и Персии и Турции. Именно соперничество с этими державами развернулось здесь вскоре после заключения Ништадского мира.