Все эти меры, с одной стороны, способствовали развитию края, прогрессу хозяйства, совершенствованию местного земледелия, появлению здесь городов и развитию городской культуры, переходу башкир на оседлый образ жизни. Но с другой стороны, происходило это все на башкирских землях и во многом за счет местного населения. Вместо прежнего легкого ясака появилась подушная подать, которая стала неуклонно расти. Под строительство заводов и крепостей у башкир были отторгнуты миллионы десятин земли. Правительство разрешило продажу башкирских общинных земель. Их стали расхватывать как русские помещики, так и башкирская верхушка, служилые башкиры. Они закабаляют местное население. Башкир обязали вместе с русскими нести охранную службу на укрепленной линии. Здесь, как и в Поволжье, стала проводиться насильственная христианизация, что встречало сопротивление местных жителей. Постепенно обстановка в крае накалилась до предела, и в конце 30 — начале 40-х гг. народ восстал. Власти пытались подавить восстание в самом начале. При этом они опирались на башкирскую верхушку, которая поддерживала русскую администрацию. Вместе с карателями «верные башкиры», как говорят документы, расстреливали повстанцев, кололи их штыками и копьями. Пойманных вождей восстания, среди которых были и местные тарханы (феодалы), подвергали устрашающим публичным казням. Но это лишь распаляло народ. Бунтовщиков поддерживали все новые районы Башкирии. На подавление восстания были брошены дополнительные войска. Они огнем и мечом расправлялись с взбунтовавшимся народом. Людей сажали на кол, подвешивали за ребра, рубили им головы. За время восстания от рук карателей пали свыше 16 тысяч башкир. В ответ повстанцы начали уничтожать захваченных в плен карателей, а также местных русских дворян, чиновников вместе с их семьями. Жестокость порождала ответную жестокость. Восстание подавили, но властям пришлось сделать уступку: подушная подать была ликвидирована и снова введен обычный ясак. Вышел запрет на захват башкирских общинных земель.
Башкиры силой оружия, многими человеческими жертвами отстояли некоторые свои права. Но заводы на башкирских землях продолжали строиться; под них отводились новые земли, усилился и процесс колонизации края. Сюда продолжали приезжать дворяне, переселялись русские крестьяне. Власти вместо отмененной подушной подати установили косвенные налоги, в частности заставили покупать башкир соль по повышенной цене. Продолжалось преследование мусульманства, вышел запрет на строительство мечетей. Оказалось, что правительство ничему не научилось в ходе первого восстания.
Поэтому закономерным ответом на эти меры стало новое восстание башкир в 1755 г. Его лидером стал мулла по прозвищу Батырша. Он звал башкир на священную войну с неверными. Но этот лозунг не вдохновил большую часть местного населения, которое страдало в основном от социального угнетения, захвата земель. Большинству башкир был чужд религиозный фанатизм.
Власти ввели в непокорный край 40-тысячное войско. В борьбе против повстанцев, как и прежде, участвовали и верные России башкирские старейшины и их отряды. Начались массовые репрессии. Страшась их, население бежало из родных мест куда глаза глядят — к казахам, на реку Яик, в другие отдаленные места. Батыршу пленили и казнили. Восстание сошло на нет.
И все же в Петербурге понимали, что одним насилием свободолюбивый край не успокоить. Вышел указ Елизаветы Петровны, обещавший прощение тем, кто принесет повинную. Осовобождались от наказания и башкиры, добровольно вернувшиеся из дальних мест. Население было избавлено от наиболее тяжелых повинностей. Правительство отказалось от насильственной христианизации края. Разрешено было строить мечети.
Последние годы Елизаветы Петровны. Личность царицы.
Если в первые годы императрица деятельно участвовала в управлении страной, то на закате дней её мало что интересовало в государственной жизни России. Елизавета Петровна все реже присутствовала на заседаниях Сената. Особенно её инертность стала заметна после того, как она учредила постоянно действующую при своей особе так называемую Конференцию, т. е. совещательный орган.Поначалу Елизавета Петровна дважды в неделю участвовала в работе Конференции, а потом появлялась там все реже и реже. Постепенно этот орган подчинил себе все центральные учреждения страны — Сенат, коллегии. По существу, Елизавета передоверила своим фаворитам и близким лицам дело управления страной.