Кризис отбросил страну на несколько лет назад, кардинально изменил политическую и экономическую ситуацию. За год покупательная способность среднедушевых доходов, исчисленная по мясу, упала почти на 30 %, по сахару — на 42,5 %.
В сентябре 1998 г. новым премьер-министром стал бывший глава Службы внешней разведки и министр иностранных дел в правительстве Кириенко академик Е. М. Примаков. Правительство Е. М. Примакова было образовано как результат очередного компромисса между президентом и оппозицией.
«Коалиционное» правительство Примакова оказалось кабинетом Думы, а не президента. В нем немалую роль играли левые — Ю. Маслюков и Г. Кулик. Левая оппозиция добилась от нового правительства обязательства пересмотреть экономическую политику.
Создать долгосрочную экономическую программу правительству Примакова так и не удалось, но свое девятимесячное пребывание у власти ему удалось завершить с неплохими результатами: начался рост в некоторых отраслях российской экономики, правда, пока на инфляционной основе: с августа 1998 г. все цены выросли как минимум в два-три раза, упала стоимость труда, снизились государственные расходы (над чем бились все либеральные правительства).
Падение курса рубля, больно сказавшееся на уровне жизни населения, помогло отечественным товаропроизводителям восстановить утраченные позиции на российском внутреннем рынке. Кроме того, правительство Примакова перестало выплачивать огромные суммы по ГКО. К реальным заслугам кабинета Примакова следует отнести осторожную политику в денежной сфере — оно не пошло, как ожидали вначале, на бесконтрольную эмиссию.
Попытка Государственной Думы провести импичмент президента дала повод Ельцину для досрочной отставки правительства Е. М. Примакова. 11 мая 1999 г. Е. М. Примакова сменил «силовик» С. В. Степашин. Из-за отсутствия собственной экономической концепции и слабости команды Степашин смог продержаться лишь до 9 августа, когда президент Б. Н. Ельцин в очередной раз сменил «конфигурацию власти», и кресло главы правительства занял руководитель Федеральной службы безопасности РФ В. В. Путин. Предлагая Путина в качестве своего преемника, Б. Н. Ельцин в первую очередь думал о сохранении преемственности власти. Дума с легкостью приняла кандидатуру Путина, поскольку большинство рассматривало его как фигуру временную и техническую — «на период очередной избирательной кампании». Однако через три месяца политическая ситуация в стране кардинально изменилась.
Вторая чеченская кампания.
Первым вызовом для нового премьера стала чеченская проблема. Новая операция федеральных войск в Чечне началась как ответ на вторжение в августе 1999 г. боевиков Басаева в Дагестан. Всю первую половину года федеральные власти бездействовали, несмотря на очевидную активизацию террористов в Чечне.Ещё во время первой чеченской кампании на территории республики сложились мощные преступные группировки, возглавляемые полевыми командирами Шамилем Басаевым, Салманом Радуевым, Русланом Гелаевым и др. Каждый из полевых командиров претендовал на власть в Чечне. По существу, власть президента А. Масхадова распространялась лишь на центр Грозного. На административной границе с Чечней постоянно происходили конфликты, участились случаи похищения людей с целью выкупа. Криминализация обстановки в республике достигла такого уровня, что стала реально угрожать национальной безопасности России. В Чечне открыто действовали учебные центры по подготовке террористов, территория Северного Кавказа все активнее использовалась для производства и сбыта наркотиков.
Подписывая 30 августа 1996 г. в Хасавюрте договор о так называемом «отложенном статусе» Чечни, федеральная сторона рассчитывала до 31 января 2001 г. нормализовать ситуацию в мятежной республике. Для этого предлагалось массированно вложить деньги в восстановление экономики Чечни и тем самым погасить социальную напряженность. На практике произошло прямо противоположное. Правовая неопределенность лишь способствовала эскалации в республике насилия и беззакония. За три года после Хасавюрта на территории России укрепилось мятежное самопровозглашенное государство, поддерживаемое экстремистскими кругами некоторых исламских стран. Политические лидеры Чечни вынашивали планы захвата всего Кавказа и создания исламского теократического государства «Великая Ичкерия». Первым шагом на этом пути должно было стать насильственное объединение с Дагестаном.
В августе 1999 г. несколько тысяч хорошо вооруженных чеченских боевиков Ш. Басаева и Хоттаба вторглись в Ботлихский и Цумадинский районы Дагестана. Ваххабиты тщательно готовили операцию, пытаясь представить вторжение как мятеж религиозных фанатиков. Это был серьезный вызов целостности Российской Федерации. Именно это обстоятельство предопределило жесткие действия правительства В. Путина, который взял на себя всю ответственность за проведение операции.