Ценой больших усилий командование федеральных сил смогло разгромить вторгшихся в Дагестан боевиков. В самый разгар антитеррористической операции в Буйнакске, а затем в Москве и Волгодонске были произведены теракты, в результате которых погибли сотни невинных граждан. Вторжение боевиков в Дагестан и террористические акты радикально изменили настроение российского общества в отношении Чечни. В выступлении перед депутатами Государственной Думы премьер-министр В. Путин призвал «переоценить» Хасавюртовские соглашения с Чечней. Нежелание официального Грозного сотрудничать с Москвой в поимке террористов превратило Масхадова в их пособника и дало федеральному центру моральные и юридические основания для ввода войск в Чечню.
Учтя опыт предыдущей кампании, российские военные отказались от лозунга «победа любой ценой» и изменили тактику. Войсковая операция в Чечне проводилась не по правилам, навязываемым бандитами, а по законам военного искусства и тактики в несколько этапов.
К середине ноября 1999 г. федеральные силы, фактически не встречая серьезного сопротивления, овладели районами севернее Терека и подошли к Грозному. Благодаря сочетанию ударов авиации и огня артиллерии федеральные войска овладели большинством населенных пунктов.
По сведениям командования объединенной группировки, к 12 ноября 2000 г. в Чечне погибло 2600 российских военнослужащих. Единственным населенным пунктом на первых этапах операции, в котором шел длительный бой с применением тяжелого вооружения и специальных общевойсковых формирований и сил МВД, являлся Грозный. В начале февраля 2000 г. операция по освобождению города была завершена, и в Заводском районе над одним из административных зданий был водружен российский флаг.
Одновременно с боями за Грозный происходило освобождение предгорных и горных районов Чечни. В 2000 г. федеральным силам удалось занять большую часть территории Чеченской республики. Последним крупным населенным пунктом, удерживающимся боевиками, стал райцентр Шатой, находящийся в долине Аргуна. С его взятием 29 февраля 2000 г. полномасштабная армейская операция в Чечне фактически была завершена.
В июне 2000 г. был осуществлен первый шаг по созданию в Чечне государственной власти. Главой администрации был назначен бывший муфтий Чечни Ахмад Кадыров.
Успехи во второй чеченской кампании резко увеличили популярность премьера В. Путина, что серьезным образом отразилось на результатах очередных парламентских выборов.
Думские выборы 1999 г.
Первой крупной победой Путина стали выборы новой Государственной Думы. Контролируя почти половину голосов, левая Дума боролась с «антинародным режимом» Б. Н. Ельцина всеми доступными ей законными средствами. Приняв 1036 федеральных законов, из которых 716 вступили в силу, Дума второго созыва из-за высокой поляризации сил в ней за четыре года так и не смогла принять целый ряд чрезвычайно важных для страны законов (Уголовно-процессуальный кодекс, Земельный кодекс).Ко времени очередных выборов в российском обществе созревают условия для принятия важнейших итогов демократической революции 90-х гг. как основы для восстановления стабильности. За годы реформ многие россияне смогли адаптироваться к ним, сформировать желаемый образ будущего для себя лично и для своей страны. В 1999 г., несмотря на общую нестабильность, стала заметной тенденция улучшения ситуации в экономике. Резкая девальвация российского рубля создала благоприятные возможности для роста экспорта и предопределила оживление промышленного роста.
За год производство продукции в промышленности, сельском хозяйстве, транспорте, розничной торговле увеличилось на 3,5 %. Ситуация на крупных и средних промышленных предприятиях была значительно лучше, чем в предыдущем году. Объем промышленной продукции вырос на 9,7 %. Столь высоких темпов прироста промышленного производства в российской экономике не наблюдалось за весь период экономических реформ. На 8,5 % вырос за год объем жилищного строительства, стабилизировался курс рубля, продолжала сокращаться безработица.
Однако отрицательным последствием значительной девальвации рубля стали ощутимое снижение реальных располагаемых доходов населения (почти на 20 % по сравнению с 1998 г.) и вследствие этого падение потребительского спроса, снижение оборота розничной торговли. В обществе ещё продолжались дискуссии о направлениях реформирования страны, но дистанция между правыми и левыми резко сокращается. За три месяца до голосования Кремль создает новую «партию власти» — избирательный блок «Единство». Широко используя административный ресурс, контроль над общероссийскими каналами телевидения, власть приводит «Единство» в Думу. Проправительственный блок, получив 23,6 % голосов избирателей, формирует вторую по числу мандатов фракцию.