Между тем царь принял меры для обеспечения и себя от «шумов водных»: в 1716 году константинопольский патриарх Иеремия прислал ему разрешение: по причине нездоровья есть мясо во все посты, кроме недели перед причастием; у того же патриарха испрошено разрешение употреблять скоромную пищу в посты солдатам за границею во время похода. В начале 1716 года Стефану хотелось съездить в Нежин, где он строил монастырь; для этого он обратился к новорожденному царевичу Петру Петровичу, поздравил его с пришествием на сей свет и бил челом, чтоб исходатайствовал ему у отца отпуск. Отпуск был дан, но еще прежде митрополит получил от царя любопытное письмо: «Понеже архиереи хотя по положениям и обетам и обещаются хранить церковные уставы вкупе, но ради некоторых у нас небрегомых дел, изъяснение особливое написав, при сем посылаю». По этому особливому изъяснению, архиерей при поставлении должен был обещаться: 1) «еже кого-либо по моей страстной воле или каких ради ссор со мною или с моими подчиненными вседомовно и единолично не проклинать и от таинств церковных не отлучать разве кто покажет себя явным преступником и разорителем заповедей божиих или против церкви еретиком; а по Христову словеси по триех увещаниях непокоршегося и неисправившегося токмо единолично, а не вседомовно проклинать и отлучать. 2) С противными церкви святой с разумом, правильно и кротостию поступать. 3) Монахов содержать по положенным им правилам и уставам, не дая скитаться из монастыря в монастырь и ниже в мирские домы входить. 4) Церквей свыше потребы для прихотей вновь самому мне не строить и другим не попускать, дабы потом не пустели. 5) Також-де священников и дьяконов и прочих церковников свыше подобающие потребы скверного ради прибытка не умножать, ниже для наследия ставить. 6) Паству всю на всякое лето, аще возможно будет, по крайней же мере в два или в три года, самому посещать и назирать, не ради лихоимания и чести, но апостольски; запрещать, дабы расколов, суеверия и богопротивного чествования не было, дабы невидимых и от церкви не свидетельствованных гробов за святыню не почитали; притворных, беснующих в колтуках, босых и в рубашках ходящих, не точию наказывать, но и к мирскому суду отсылать; дабы св. икон не боготворили и им ложных чудес не вымышляли, от чего противным способ дается к поношению на православных, но почитали бы оные по разуму св. православные кафолические церкви. 7) В мирские дела и обряды не входить ни для чего, разве какая явная неправда показана будет, о том первое увещать, а потом и писать на таковых к его царскому величеству, по апостолу, заступати немощные».
«Водные шумы» не прекращались. В том же 1716 году рязанский дьячок Попов донес, что митрополит держал на своем архиерейском дворе Мазепина купчину, который умер, оставил пожитков на 100000 и больше, а Яворский об этом не объявил. Попов доносил также, что архиерейским жалованным людям в 1705 году велено давать половинное жалованье, а другую половину высылать в Монастырский приказ; но Яворский этой половины не отсылал, а взял себе в келью больше 6000 рублей; держит у себя на оброке посадских людей с тягла, дворовых и пришлых людей, и оброчных денег к великому государю не высылает; из крестьянства с тягла в подьячие, приставы и в другие всякие чины переводит; в 1715 году потаил дело в смертном убийстве и в винном куреньи игуменьи Марфы Пустынские; рукополагает Церковников в попы и в дьяконы, в том числе беглых и записных солдат, из крестьянства с тягла, из подьячих и пытанных воров, не умеющих грамоте и школьному учению, ставит по два и по три попа туда, где прежде столько не бывало; ставленнику становится поповство по 20, 30 и 40 рублей, а дьяконство — по 15 и 20; дает вдовым попам и дьяконам патрахильные и постихарные грамоты на всякий год по 4 рубля и больше, и от того освященный чин весь разорился без остатка. Во время дела о Мазепиных пожитках захваченный по подозрению малороссиянин Савостьян Кондратьев говорил: «Губернатор киевский князь Дм. Мих. Голицын святым печерским не верует, а верует еретичествующей бабе, которая ему волшебствует, и как ему уволшебствует, то он и поедет в Петербург явиться к царскому величеству; ту бабу князь поит и кормит, и держит та баба. у себя многое число кошек вместо сатаны».