Дело затянулось, а вслед за ним новые «водные шумы»: дело царевича Алексея. Петр сильно подозревал рязанского архиерея, который торжественно называл Алексея «единою надеждою»; но ничего преступного не оказалось. Стефан остался с прежним значением, но столкновения с царем не прекращались. В 1718 году Яворский получил указ приехать в Петербург; он думал, что пребывание будет временное, но 16 июля великий государь указал преосвященному Стефану, митрополиту рязанскому, жить в С.-Петербурге, а при нем в первой очереди быть Игнатию, епископу суздальскому, а прочих архиереев из С.-Петербурга отпустить в свои епархии, а по прошествии первой чреды в С.-Петербург архиереям приезжать поочередно против того, как в Москву приезжали. Стефан, недовольный указом, подал царю пункты, на которые получил резкие ответы. 1) «Выехал я из Москвы, — писал Яворский, — на почтовых подводах, не взяв с собою ни ризницы, ни певчих, ни запасов никаких, ни платья, ни келейной рухляди, и для скорого выезда порядка никакого не учинил ни в соборной церкви, ни в приказах, ни в школах, ни в дому своем, чая скорого возвращения; ныне, скитаясь в Петербурге, живу в наемном дворе, далече от церкви и от воды, и в таком дворе, в котором зимою мне, немощному, отнюдь жить невозможно, и ожидаю милостивого отпуска, чтоб зимою совсем собраться и здесь жить вовсе, и о том что великий государь укажет?» Ответ: «О житье здешнем уже за три года сказано, и сам ваша милость на просухе хотел быть, как я с вами прощался на Москве, а зачем в три года не собрался и не распорядился, не знаю, ибо и более того делано, ездил на Украйну для освящения церкви». 2) «Было милостивое слово о дворе, и написано было ко мне рукою монаршескою: приезжай, а двор для тебя будет готов; сего милостивого обещания будет ли исполнение или нет?» Ответ: «Место готово, а построить самому можно, понеже всем архиереям определенное дается, а вам все, как было прежде, еще ж и Тамбовское епископство поддано». 3) «Во многих епархиях архиереев нет». Ответ: «Выбрать на пример и подать роспись; так же и впредь для таких избраний надлежит заранее добрых монахов сюда, в монастырь Невский, привезть, дабы здесь жили, чтоб таких не поставить, как тамбовский и ростовский были; а для лучшего впредь управления, мнится, быть удобно Духовной коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно».