3 декабря было второе заседание без Никона. Царь объявил патриархам, что вчера, 2-го числа, он посылал Никону еду и питье, но тот не принял и сказал, что у него и своего есть много и будто он о том к нему, великому государю, не приказывал. «Никон делает все исступя ума своего», – отвечали патриархи. Когда подсудимый вошел, царь, опять сойдя со своего места, говорил патриархам речь, и все присутствующие били челом на Никона: «Бранясь с митрополитом газским, писал он в грамоте к константинопольскому патриарху, будто все православное христианство от восточной церкви отложилось к западному костелу, тогда как святая соборная восточная церковь имеет в сеое спасителя нашего бога многоцелебную ризу и многих святых московских чудотворцев мощи и никакого отлучения не бывало, держим и веруем по преданию св. апостолов и св. отец истинно: бьем челом, чтоб патриархи от такого названия православных христиан очистили». Тут царь и весь собор патриархам поклонились до земли. «Это дело великое, – отвечали патриархи, – за него надобно стоять крепко; когда Никон всех православных христиан еретиками назвал, то он и нас также назвал еретиками, будто мы пришли еретиков рассуждать, а мы в Московском государстве видим православных христиан; мы станем за это Никона-патриарха судить и православных христиан оборонять по правилам». Выставивши с такою торжественною обстановкою главный пункт обвинения против Никона, показавши, что не может быть примирения с пастырем, так жестоко оскорбившим паству, обвинившим ее в неправославии, для усиления впечатления представили патриархам самую важную улику на Никона, потрясавшую доверие к его словам, к его оправданиям: до сих пор Никон постоянно утверждал, что он не отказывался от патриаршества; теперь царь подал патриархам три письма, в которых Никон называл себя
5 декабря – третье заседание собора в присутствии Никона.