На местах власть по-прежнему юридически принадлежала Советам различных уровней, выбранным на безальтернативной основе. Исполнительная власть принадлежала исполкомам Советов (на уровне республик — Советам Министров), которые были чибто бюрократическими органами. Формально они были подотчетны Советам, реально же подчинялись лишь вышестоящим инстанциям. Деятельность их также контролировалась комитетами партии различного уровня. Изменилась в этой системе лишь терминология. Модно стало говорить о борьбе с бюрократизмом, о демократизации и гласности.
С 1989 г. изменилась сама структура выборов в органы власти. Прежде всего был отменен обязательный «нерушимый блок коммунистов и беспартийных» при одном кандидате на одно депутатское место. Выборы стали альтернативными и состязательными. Это означало, что на одно депутатское место претендовало несколько кандидатов. Выборы 26 марта 1989 г. были первыми альтернативными выборами за много десятилетий советской истории.
Но, как и следовало ожидать, выборы показали неподготовленность народа и страны к изменению принципов выборов. Прежде всего, кроме выборов депутатов по территориальным округам в 1989 г. проводились выборы от так называемых общественных организаций — КПСС, ВЛКСМ, ВЦСПС, Союза журналистов, Академии наук и целого ряда других. Это привело к тому, что значительная часть партийных функционеров без труда вновь попала в высший орган государственной власти. Но и в некоторых территориальных округах было по одному кандидату, и, как правило, выдвигались по-прежнему секретари райкомов, горкомов и обкомов; в других округах на одно место претендовало три, четыре и более кандидатов (максимальное число — 12). Причем позиции кандидатов во многом совпадали. Как консерваторы, так и демократы обещали скорейшее повышение жизненного уровня и решение местных и общегосударственных проблем — одни на основе сохранения принципов социализма, другие на основе перехода к рыночным отношениям.
Народными депутатами СССР были избраны 2250 человек: из них рабочих и колхозников менее 24 %, интеллигенции более 27 %. Представительство партийных работников и военнослужащих осталось практически без изменений.
В результате выборов на первом съезде народных депутатов СССР образовалось два основных блока, которые сохранились практически без изменений на последующих съездах: блок коммунистов и блок демократов. Стабильное большинство на съездах народных депутатов СССР имел блок коммунистов и поддерживавших его депутатов.
На первом съезде народных депутатов (май-июнь 1989 г.) М. С. Горбачев был избран Председателем Верховного Совета СССР. Его заместителем стал А. И. Лукьянов. На нем же были избраны депутаты Верховного Совета (всего 542 человека) — постоянно действующего законодательного и контролирующего органа государственной власти, образован ряд комиссий: мандатная, конституционная и др. Съезд утвердил Председателя Совета Министров СССР (Н. И. Рыжков), Председателя Комитета народного контроля (В. Г. Колбин), председателя Верховного суда СССР (Е. А. Смоленцев), Генерального прокурора СССР (А. Я. Сухарев), Главного государственного арбитра СССР (Ю. Г. Матвеев). Съезд рассмотрел основные направления внешней и внутренней политики СССР, программу предстоящей деятельности правительства.
Второй съезд народных депутатов СССР состоялся 12–24 декабря 1989 г. На нем были приняты постановления о работе Верховного Совета, сформирован Совет министров СССР, избраны и утверждены члены различных комиссий и комитетов. На втором съезде были заслушаны отчеты о выполнении экономических и социальных программ, госбюджета СССР, рассмотрены программы на следующий год. Были внесены изменения в Конституцию СССР по вопросам деятельности съезда, изменениям избирательной системы и конституционном надзоре. В последующем съезды народных депутатов собирались не реже, чем 2 раза в год (в 1990 г. съездов было три). В марте 1990 г. на внеочередном съезде народных депутатов СССР Председателем Президиума Верховного Совета СССР был избран А. И. Лукьянов, должность первого заместителя была упразднена. Основные законодательные акты принимались Верховным Советом СССР.