Согласно регламенту, утвержденному на первом съезде народных депутатов, Верховный Совет ежегодно созывался Председателем Верховного Совета на две очередные сессии продолжительностью 3–4 месяца. Могли также собираться внеочередные сессии. Первая сессия Верховного Совета созыва 1989 г. состоялась 7 июня-4 августа 1989 г. Затем Верховный Совет работал практически непрерывно, за исключением коротких каникул. В среднем продолжительность работы Верховного Совета составляла 8–9 месяцев в году. В промежутке между сессиями работал Президиум Совета и постоянные комиссии палат и комитетов.
Деятельность народных депутатов СССР и Верховного Совета СССР прекратилась фактически в конце августа — начале сентября 1991 г., значительно ранее завершения срока их полномочий. После попытки государственного переворота 19–21 августа усилились центробежные силы в бывших советских республиках, депутаты Верховного Совета СССР и народные депутаты были обвинены в пособничестве Государственному комитету по чрезвычайному положению, либо в бездеятельности. Под давлением общественного мнения как в центре, так и в республиках депутаты заявили о самороспуске и ликвидации Верховного Совета СССР в том составе, в каком он был избран в 1989 г.
Несколько иная ситуация имела место в Верховных Советах РСФСР и других республик, в местных Советах. В ряде Верховных Советов союзных и автономных республик в 1990 г. к власти пришли оппозиционные КПСС силы, в том числе и националистические. Большинство республик провозгласили суверенитет, а отдельные заявили о стремлении приобрести независимость в ближайшем будущем. Наиболее интенсивно этот процесс шел в республиках Прибалтики (Литва, Латвия, Эстония) и Закавказья (Армения и Грузия), а также в Молдавии. В том же направлении, хотя и значительно медленнее, развивались события на Украине, в Белоруссии и РСФСР.
После выборов марта-мая 1990 г. в Верховных Советах Литвы, Латвии, Эстонии, Грузии, Армении и Молдавии стабильное большинство получили националистические силы, оппозиционные КПСС. В среднеазиатских республиках и Азербайджане — силы, поддерживающие КПСС. На Украине, в Белоруссии и РСФСР друг другу противостояли близкие по численности блоки коммунистов и демократов. Именно в этих последних работа была затруднена в наибольшей степени, так как принятие любого, даже малозначащего документа требовало много времени на обсуждение и голосование.
На первом съезде народных депутатов РСФСР (май-июнь 1990 г.) Председателем Верховного Совета был избран Б. Н. Ельцин, его первым заместителем Р. И. Хасбулатов, Председателем Совета Министров назначен И. С. Силаев. Были выбраны постоянные комиссии, во многом, аналогичные союзным, утверждены министры и председатели комитетов. На съезде был принят манифест о суверенитете, а также решение о выработке программы выхода из кризиса. Как и Верховный Совет СССР, Верховный Совет РСФСР созывался на две очередные сессии в год, которые продолжались 3–4 месяца. В марте-апреле 1991 г. была созвана чрезвычайная сессия Верховного Совета РСФСР, на которой было принято решение о введении поста президента РСФСР и проведении общереспубликанских выборов в июне 1991 г. До этого срока Б. Н. Ельцин получил дополнительные права и полномочия. После выборов президента и вице-президента РСФСР 12 июня 1991 г. влияние как Верховного Совета РСФСР, так и съезда народных депутатов РСФСР стало постепенно снижаться, а власть все в большей степени концентрироваться у президента и институтов исполнительной власти.
В мае 1990 г. были проведены выборы в автономных республиках и в местные Советы всех уровней. Во многих районах власть перешла к оппозиционным КПСС силам, правда, основные лидеры оппозиции были бывшими номенклатурными работниками. В результате победы националистических сил в автономных республиках многие из них заявили о своем суверенитете и превращении их в союзные республики. Летом-осенью 1990 г. союзными республиками провозгласили себя Татарстан, Северная Осетия, Дагестан, Якутия и ряд других, хотя в реальности их положение мало изменилось.
В некоторых местных Советах власть также перешла к силам, оппозиционным КПСС. Наиболее наглядно это было в Москве и Ленинграде, где к власти пришло широкое, но достаточно аморфное движение «Демократическая Россия». В Москве председателем городского Совета стал Г. Х. Попов, а в Ленинграде — А. А. Собчак. Демократы победили в большинстве районных Советов. Но несмотря на широкие обещания, новые составы Советов не смогли найти решения старых проблем, а интенсивная политическая борьба в них была одной из причин того, что эффективность советской власти снизилась.