Впервые на страницах исторических источиков имя П.П. Ляпунова встречается под 1584 г. Он – главный участник восстания москвичей против Богдана Бельского. По их убеждению, Богдан «извел» царя Ивана Васильевича и вознамерился убить царя Федора Ивановича, чтобы посадить на престол своего ставленника. Чтобы предотвратить переворот, восставшие направили пушку на ворота Кремля и потребовали от бояр разъяснить ситуацию. В итоге к ним вышли князь И.Ф. Мстиславский с Н.Р. Юрьевым и сказали, что царю Федору ничего не грозит, Вельский же будет выслан в Нижний Новгород.
Несомненно, что П.П. Ляпунов не понял суть происходивших в Кремле событий. Любимец Ивана Грозного Б. Вельский абсолютно не был заинтересован в его смерти. Не мог он покушаться и на царя Федора. Он, видимо, как дядька царевича Дмитрия настаивал на том, чтобы именно его Федор Иванович назвал своим официальным наследником. Царь же отказался считать Дмитрия членом своей семьи, поскольку тот родился в шестом по счету браке, уже незаконном.
Выступление П.П. Ляпунова свидетельствовало о том, что он остро воспринимал все события, происходившие в столице, и был готов бороться за законность и порядок.
В царствование Федора Ивановича Прокопий Петрович проживал в Рязани, считался местным воеводой и активно занимался обороной города. Это оказалось очень важным во время нападения крымского хана Казы-Гирея на Москву летом 1591 г.
В конце января 1598 г. П.П. Ляпунов вошел в состав делегации от Рязани, которая была направлена на избирательный Земский собор. Вместе со всеми он проголосовал за избрание на вакантный после смерти Федора Ивановича царский престол боярина Б.Ф. Годунова, брата царицы Ирины Федоровны. Ляпунов был уверен, что Борис сможет стать достойным продолжателем славных дел умершего царя.
Однако рязанский воевода ошибся, как и другие избиратели. Жестокими репрессиями в адрес Романовых, двоюродных братьев царя Федора, чванством, излишней мнительностью и подозрительностью, а также любовью к иностранцам Б.Ф. Годунов оттолкнул от себя подданных. Многие стали думать, что он недостоин престола. В их числе, вероятно, был и Прокопий Петрович.
Осенью 1604 г. рязанцам во главе с Ляпуновым было приказано присоединиться к царскому войску для борьбы с Лжедмитрием. Но они не стали спешить со сборами и заняли выжидательную позицию. После внезапной смерти царя Бориса в апреле 1605 г. Прокопий перешел на сторону «царевича Дмитрия», поскольку поверил в его истинность.