Б.Ф. Годунов, несомненно, постоянно следил за тем, чтобы в Боярской думе его клан Годуновых доминировал. Но уже в начале 1600 г. он мог заметить: у Романовых вскоре будет численный перевес. Боярами были два брата Никитича, Федор и Александр, окольничество получил и Михаил. Следом за ними шли Василий и Иван. Боярами были два мужа их сестер, И.В. Сицкий и Б.К. Черкасский. Кроме того, в близком родстве с ними состояли такие видные бояре, как Ф.И. Мстиславский, И.И. Голицын, А.И. Голицын, В.К. Черкасский, И.М. Воротынский. Всего насчитывалось 10 человек. У самого царя таких близких родственников в Думе было не больше 7 человек. К тому же некоторые из них были уже в преклонном возрасте, например Д.И. Годунов и С.В. Годунов. Дряхлел и сам царь, понимая, что в будущем его юному сыну вряд ли удастся справиться с оппозицией.
Поэтому Борис решил нанести удар по возможным противникам первым. Но это, видимо, была одна из главных его ошибок. По этому поводу один из его современников написал так: «Если бы терн завистной злобы не помрачил цвет его добродетели, то мог бы древним царям уподобиться». Аналогичную мысль о Б.Ф. Годунове высказал и известный историк XIX в. С.М. Соловьев: «Неуверенность в собственном достоинстве, в собственных правах, собственных средствах не могла дать ему необходимого в его положении спокойного величия и развила в нем эту мелкую, болезненную подозрительность, заставлявшую его осквернить царство доносами неслыханными; не имея доверия, уважения к самому себе, он не мог доверять никому». (Соловьев С.М. Сочинения. Книга IV. С. 377.)