После года с лишним пребывания Романовых в ссылке приставы были вынуждены сообщить в Москву что особенно тяжелое положение у белозерских узников. Они истощены от постоянного недоедания, одежда уже стала походить на лохмотья. Это заставило царя Бориса облегчить участь женщин и детей, которые не могли представлять для него угрозу Их перевели в селение Клин, находящееся в одной из бывших вотчин Романовых. Жизнь там была немного легче, чем на Белоозере, хотя и под наблюдением приставов. Но здоровье Михаила и Татьяны оказалось настолько подорванным, что до старости им не удалось дожить. Татьяна умерла в 18 лет либо от туберкулеза, либо от хронического малокровия. Михаил всю жизнь страдал от рахита и цинги.
Более печальной оказалась участь Александра, Михаила и Василия Никитичей. Первого отравили угарным газом, второй умер от голода и холода в земляной тюрьме, третий скончался от гангрены ног. Она началась у него от кандалов, в которые его заковал пристав Некрасов. Выжил только младший из братьев, Иван. С детских лет он страдал от церебрального паралича, поэтому тюремная стража была к нему достаточно милостива. К тому же для царя Бориса он не представлял угрозу, поскольку не мог претендовать на трон.
В итоге после репрессий Годунова выжить удалось только Федору-Филарету и Ивану Романовым. Никто из них уже не мог быть соперником ни царя Бориса, ни его сына Федора.
Дело Романовых, несомненно, произвело самое негативное впечатление на русское общество. Ведь пострадали не только они сами, но и их многочисленные родственники, а также все люди, которые им служили. По царскому указу никто не имел права нанимать их на службу, и их ждали высылка в отдаленные места и голодная смерть. Однако наиболее активные из боевых холопов Романовых бежали на южные окраины страны и влились в состав вольных казаков, живших на границе со степью. Там они стали мечтать о том, чтобы отомстить царю Борису, который только прикидывался милостивым и справедливым, а на самом деле жестокостью напоминал Ивана Грозного. Количество беглецов вскоре резко увеличилось из-за начавшегося в 1601 г. в северных и центральных районах России страшного голода.
Автор «Истории в память сущим» так писал об этом: «И яко сих ради Никитичей Юрьевых вскоре… и за всего мира безумное молчание, еже о истине к царю не смеющее глаголати о неповинных погибели, омрачи Господь небо облаки, и толико дождь пролися, яко вси человецы во ужас впадоша. И преста всяко дело земли, и всяко семя сеянное возрастши, разседеся от безмерных вод, лиемых от воздуха, и не обвея ветр травы земныя за десять седмиц дней, и прежде простертия серпа поби мраз сильный всяк труд дел человеческих в поле и в виноградех, и яко от огня поядена бысть вся земля. Году же сему прешедшу, ох, ох горе, горе всякому естеству воскличущу, и во вторый злейши бысть, такожде и в третье лето». (Сказание Авраамия Палицына. С. 253.)