В то время в России было очень мало постоянного войска, хотя и составлялись целые полки солдатские и рейтарские, но в мирное время их распускали, а собирали тогда, когда начиналась война. Только два солдатских полка из иноземцев были постоянно в сборе в Москве в немецкой слободе. Главные же постоянные войска были: конное – казаки, пешее – стрельцы. Стрельцы разделялись на московских и городовых. Городовые жили по разным крепостям и городам для защиты их, все равно как нынешние гарнизоны. Московские стрельцы жили в Москве: отборный их полк назывался стременным и всюду сопровождал государя; прочие тоже бывали в караулах у Кремля и царских палат; вообще они несли такую же службу, как ныне гвардия. Но хорошего устройства они не имели, хотя и было у них побольше порядка, чем у других тогдашних русских войск. В Москве стрельцам было дозволено заниматься торговлей и промыслами, и они отставали от службы, вольничали. В начале царствования Петра они жаловались на притеснения своих полковников. Правительство, не разобрав дела, отставило этих полковников и даже позволило стрельцам их мучить. От этого стрельцы стали еще своевольнее.
Софья и Милославский послали людей, которые стали говорить стрельцам, что царевич Иоанн несправедливо обижен и лишен престола, что Нарышкины и Матвеев хотят извести Иоанна, его сестер и всех верных им русских, в том числе и стрельцов; наконец сказали, что Нарышкины задушили царевича.
Стрельцы, кроме одного полка Сухарева, схватили оружие и бросились ко дворцу. Царица Наталия Кирилловна вывела на Красное крыльцо царя Петра и царевича Иоанна Алексеевича и сказала стрельцам: «Вот царь и царевич! Благодаря Бога, они здравствуют, и в доме их нет мятежников». Стрельцы взобрались на крыльцо и спрашивали Иоанна, точно ли это он. Иоанн отвечал им: «Я, никто меня не изводил». Стрельцы готовы были разойтись, но начальник их, князь Михаил Юрьевич Долгорукий, стал кричать на них. Они рассвирепели и бросили его с крыльца на копья своих товарищей. Вся толпа их закричала: «Любо! Любо!» Они вырвали также Матвеева из рук царицы Наталии Кирилловны и изрубили его; потом бросились во дворец искать других бояр, которых хотели убить. Имена их были означены в списке, составленном Милославским.
Стрельцы обыскивали царские палаты, даже теремы царевен, разбрасывали перины, рылись в темных чуланах, даже врывались в храмы Божии, в алтари, ощупывали окровавленными руками престолы, шарили копьями под жертвенниками. Найдя кого-нибудь из показанных в списке, они вытаскивали его на Красное крыльцо и спрашивали: «Любо ли?» Толпа кричала: «Любо! Любо!» И они бросали пойманного на копья. Афанасий Кириллович Нарышкин скрылся в алтаре церкви Воскресения Христова; они вытащили его оттуда и изрубили на паперти. К Юрию Алексеевичу Долгорукому, отцу Михаила Юрьевича, 80-летнему старику, они прибежали и стали извиняться, что в запальчивости убили его сына. Он не упрекал их и велел им подать пива и меда. Они ушли; мать Михаила Юрьевича со слезами прибежала к мужу; он сказал ей: «Не плачь: щуку они съели, но зубы у ней остались. Быть им, ворам, повешенными». Неверный слуга пересказал это стрельцам. Они воротились, отрубили князю руки и ноги и бросили труп его в навозную кучу. Два следующих дня они продолжали убивать означенных в списке и грабить их дома. Особенно им хотелось убить Ивана Кирилловича Нарышкина, потому что Милославские ненавидели и боялись его более других и сказали стрельцам, будто он надевал на себя царскую корону. Искали также и доктора или лекаря Галена, которого обвиняли, будто он отравил Федора Алексеевича. Гален был еврей, несколько раз менял веру, поступил на царскую службу цирюльником, а потом был доктором. Он точно лечил Федора Алексеевича, но супруга царя и даже сама Софья сказали, что он невиновен в его смерти и что он сам отведывал лекарства, которые давал царю. Стрельцы сказали: «Все равно он колдун, у него в доме нашли сушеных змей» и убили его. Царица скрыла своего любимого брата Ивана Кирилловича. Софья при боярах сказала ей: «Брату твоему не избавиться от стрельцов! Не погибать же нам всем за него». Иван Кириллович причастился Святых Тайн и сказал Софье: «Я не боюсь смерти; только желаю, чтобы моей невинной кровью прекратилось кровопролитие».
Наталия Кирилловна благославила брата образом Божией Матери и, горько рыдая, упала на грудь его. Князь Яков Одоевский сказал ей: «Сколько вам, государыня, ни жалеть, а расстаться надо. Ты, Иван, иди скорее, чтобы за тебя одного нам всем не погибнуть». Иван Кириллович с образом на груди в сопровождении царицы и царевны вышел из храма. Стрельцы бросились на него и потащили за волосы в застенок, то есть место для пыток. В страшных мучениях он не сказал ни слова. Его подняли на копья и рассекли, потом голову, руки и ноги воткнули на копья.