Положено было в мае отправиться на войну самому государю. Прежде всего Алексей Михайлович счел нужным посетить разные русские святыни, отправил вперед себя икону Иверской Божьей Матери, а 18 числа выступил в сопровождении дворовых воевод. В воротах, через которые шел государь из Москвы, устроены были возвышения, обитые красным сукном (рундуки), с которых духовенство кропило св. водою государя и проходивших с ним ратных людей.
Главная масса войска по-прежнему все еще состояла тогда из дворян и детей боярских, которых наследственно верстали в службу, наделяя поместным окладом и денежным жалованьем и оставляя из двух сыновей одного в семье. За ними следовали стрельцы (пешее войско), тогда получавшие, как мы сказали выше, все более и более значения. Царь Алексей Михайлович особенно ласкал их, давал им право на беспошлинные промыслы, жаловал землею, сукнами и пр. Стрельцы разделялись на приказы от 800 до 1000 человек в каждом приказе (всех приказов было 20). Приказы находились под начальством голов, полковников, полуголов, сотников, пятидесятников и десятников. Кроме жалованья, собираемого со всего государства деньгами, им доставлялись хлебные запасы, особый побор под названием стрелецкого хлеба. За стрельцами следовали казаки (конное войско), которым давали дворовые места и пахотные земли, свободные от всяких налогов. Они состояли под управлением атаманов, сотников и эсаулов и расселены были по украинным городам казачьими слободами. Находившиеся при орудиях назывались пушкарями. Тогда появились особые конные отделы войск, под названием рейтаров и драгунов, которые набирались из разного рода еще неслуживших людей, преимущественно служилого сословия. Они разделялись на полки; иные имели поместья, а другие получали по 30 руб. в год, в мирное время они должны были иметь собственную лошадь и вооружены были карабинами и пистолетами. Они подвергались правильному обучению, которым занимались иноземцы, носившие чины полковников, полуполковников, майоров и ротмистров; между последними начали появляться русские незнатные люди. В это время был устроен новый отдел войска под названием «солдат». В 1649 году были заведены солдатские полки в заонежских погостах и в Старорусском уезде. Они набирались из жителей со двора по человеку, а с больших семей и более (от двадцати до пятидесяти лет от роду), и за то волости, из которых они набирались, освобождались от платежа данных и оброчных денег. Солдаты получали содержание и денежное жалование и разделялись на полки, а полки на роты пешие и конные, вооружены были шпагами и мушкетами, состояли под начальством иноземных офицеров, которые обучали их ратному строю. Перед началом войны в 1653 году приказано усилить солдатское войско, записывая в солдаты разных родственников, служивших у стрельцов, казаков, посадских, а также разных захребетников, гулящих людей. Всем таким людям велено сделать списки и половину их зачислить в солдаты. Затем обращаемы были в солдаты дети, братья и племянники дворян и детей боярских, еще не служившие нигде. Им предоставлялось или идти в солдаты или быть выключенными из служилого сословия. Старые солдаты отпускаемы были на земледельческие занятия, но не исключались вовсе из службы. Это устройство было зародышем регулярного войска в России. Вначале в нем встречался разный сброд, и татары, и немцы, и пр.
Война 1654 года шла так успешно, как ни одна из прежде бывших войн с Польшею и Литвою; но благодушная натура Алексея Михайловича неприятно сталкивалась с обычным лукавством, приросшим московскому характеру окружавших его лиц. Сам царь сознавал это и писал Трубецкому: «С нами едут не единодушием, наипаче двоедушием как есть оболока: овогда благопотребным воздухом и благонадежным и уповательным явятся, овогда паче же зноем и яростью и ненастьем всяким злохитренным обычаем московским явятся… Мне уже Бог свидетель, каково ставится двоедушие, того отнюдь упования нет… все врознь, а сверх того сами знаете обычаи их». Но более всего смущало царя то, что, пока он находился в войске, осенью распространилась по Московскому государству зараза. Царица с детьми бежала из Москвы в Калязин монастырь. В Москве свирепствовала страшная смертность. Зараза уничтожила большую часть жителей во многих городах.[49]
Люди от страху разбегались куда попало, а другие, пользуясь общим переполохом, пустились на воровство и грабежи. Бедствия этим не кончились. Зараза появлялась и в следующие два года; правительство приказывало устраивать на дорогах заставы с тем, чтобы не пропускать едущих из зараженных мест, но это мало помогало, так как всякого пропускали на веру, хотя за обман положена была в этом случае смертная казнь, как равно и за сообщение с зачумленными. По смерти зачумленных, сжигали их платье и постели; дворы, где случалась смертность, оставляли на морозе, а через две недели велели топить можжевельником и полынью, думая, что этим разгоняется зараза.