Наущения и советы Алегретти оказали действие: окольничий Хитров и думный дьяк Алмаз Иванов, в переговорах с приехавшим польским послом Петром Галинским, дали обязательство, из уважения к просьбе императора Фердинанда, прекратить войну с Польшей, назначить съезд для мирных переговоров и объявить войну Швеции, если шведский король будет нарушать мирный договор. Шведский посол Густав Бельке с товарищами с конца 1655 по 1656 год жил в Москве безвыездно, стараясь устранить недоразумения; но бояре с своей стороны придирались к нему всеми способами, с явным намерением довести дело до войны, упрекали короля за принятие литовских городов, доставшихся царю, за сношения с казаками будто с целью отвлечь их от царя и привлечь в подданство Швеции и пр. В мае 1656 года в Москве стали умышленно стеснять шведское посольство и держать как в плену, а наконец 17 числа объявили, что мирное докончание нарушено с шведской стороны. Царя Алексея Михайловича более всего расположило к войне с Швецией то, что и патриарх Никон был за эту войну из вражды к протестантству.
Война с Швецией началась удачно в Ливонии; русские взяли Динабург, переименовавши его в Борисоглебов, взяли Кокенгаузен и переименовали его в Царевичев-Димитриев; взяли, наконец, Дерпт, но не могли взять Риги, потерпели поражение и после двухмесячной осады, при которой находился сам царь, удалились из Ливонии. Между тем в Вильне еще с июня начались переговоры с Польшей. Московские политики думали, что теперь путем переговоров можно с Польшей сделать все, что угодно; от царского имени велено было разослать по Литве грамоту о собрании сеймиков, на которых, при рассуждении о делах, иметь в виду, что царь не уступит великого княжества литовского, и стараться непременно, чтобы, после Яна Казимира, избран был польским королем московский государь или его сын. С такими требованиями явились на виленский съезд московские послы – князь Никита Иванович Одоевский с товарищами. Цезарский посланник Алегретти был на этом съезде в качестве посредника и оказался совершенно на стороне Польши; он отклонял поляков от избрания царя. Поляки со своей стороны стали смелее, когда увидали, что их враги поссорились между собою. Наконец, в октябре, виленская комиссия постановила договор, по которому поляки обещали добровольно избрать Алексея Михайловича на польский престол, а царь обещал возвратить земли, отлученные от Речи Посполитой, кроме тех, которые прежде принадлежали московским государям. Ничто не могло быть неразумнее этого договора: Московское государство разом лишало себя того, что уже было в его руках. Поляки никогда не думали искренно избирать московского государя на свой престол: московский государь и шведский король перестали быть им страшны в той мере, как прежде; вдобавок виленский договор произвел разлад между Москвою и Малороссиею. Сам Хмельницкий, хотя не отпал совершенно от царя, но был так сильно огорчен и раздражен, что умер от огорчения. В Малороссии распространилось недоверие к московскому правительству. Виленский договор не мог иметь силы: прежде чем он был утвержден сеймом, поляки умышленно тянули окончание этого дела, пока наконец в сентябре 1659 года преемник Хмельницкого, Выговский, заключил договор с Польшей в ущерб Москве. Надеясь теперь снова прибрать казаков в руки, поляки перестали уже манить московского царя лестными обещаниями. Комиссары с обеих сторон снова съехались в Вильне, толковали о мире, но соглашались мириться с Москвою не иначе, как только на основании поляновского договора, и в то же время польские войска начали неприязненные отношения против русских.
В литовских областях эта война сначала пошла неудачно для поляков. Князь Юрий Долгорукий победил и взял литовского гетмана Гонсевского. Затем и в Малороссии дела пошли не «на корысть полякам». Выговскому хотя и удалось было, при помощи крымцев, разбить московское войско под Конотопом, но народ малорусский не разделял планов Выговского и его соумышленников, прогнал Выговского и избрал нового гетмана Юрия Хмельницкого на условиях повиновения московскому государю. То было в 1659 году, но с 1660 года начались несчастья для Московского государства с двух сторон. В Литве московский военачальник, князь Иван Хованский, 18 июня был поражен наголову, потерял весь обоз и множество пленных. Литовские города, находившиеся уже в руках московских воевод, один за другим сдавались королю. Сам Ян Казимир осадил Вильну: тамошний царский воевода князь Данило Мышецкий решился лучше погибнуть, чем сдаться, но был выдан своими и казнен королем за жестокости, как повествуют поляки. Еще хуже шли дела в Малороссии: в октябре боярин Василий Васильевич Шереметьев был разбит, взят в плен поляками и изменнически отдан татарам. Современники поляки заявляли, что если бы тогда в польском войске была дисциплина и, вообще, если бы поляки действовали дружно, то не только отняли бы все завоеванное русскими, но покорили бы самую Москву.