Растущая армия нуждалась в большом количестве квалифицированных военных специалистов. В начале 1937 г . в армии насчитывалось 206 тыс. офицеров. Свыше 90% командного, военно-медицинского и военно-технического состава имели законченное высшее образование. Среди политработников и хозяйственников военное или специальное образование получили от 43 до 50%. По тем временам это был хороший уровень, но вскоре армию захлестнула волна репрессий. С мая 1937 г . по сентябрь 1938 г . из армии были уволены 36 761 офицер, 3 тысячи офицеров было уволено с флота. На заседании Военного совета 29 ноября 1938 г . нарком обороны К.Е. Ворошилов сообщил об успехах по выкорчевыванию врагов народа: «Чистка была проведена радикальная и всесторонняя. Чистили мы, как и подобает большевикам, все, что подлежало очищению, начиная с самых верхов и кончая низами... достаточно сказать, что за все время мы вычистили больше 4 десятков тысяч человек».
Репрессии вызвали огромную текучесть командных кадров. Ежегодно получали новые назначения десятки тысяч офицеров. Нередко, едва приступив к работе в новой должности, они вновь перебрасывались к следующему месту службы. Кадровая чехарда отрицательно сказывалась на уровне дисциплины и боевой выучке войск. Все это происходило в период стремительного роста численности армии, создания новых частей и соединений, увеличения числа командных должностей. Образовался огромный некомплект командиров, который год из года возрастал. В 1941 г . только в сухопутных войсках не хватало по штабам 66 900 командиров, в ВВС некомплект летно-технического состава достиг 32,3%.
Особенно сильно пострадал высший командный состав: в 1938—1940 гг. сменились все командующие войсками военных округов, на 90% были обновлены их заместители, помощники, начальники штабов, начальники родов войск и служб, на 80% — руководящий состав корпусных управлений и дивизий, на 91 % — командиры полков, их помощники и начальники штабов полков. В сухопутных войсках были сняты с должностей и арестованы 27 командиров корпусов, 96 командиров дивизий, 184 командира полка.
Репрессиям подверглась основная часть руководящего состава Наркомата обороны. Погибли 9 заместителей наркома, 4 командующих ВВС, 5 начальников разведуправления Генштаба, 4 командующих Военно-морским флотом, многие ответственные работники военного ведомства. В общей сложности в предвоенные годы было репрессировано около 600 лиц высшего начальствующего состава. История не знает примеров, когда накануне большой войны с таким ожесточением и размахом уничтожался бы цвет собственной армии. В течение полутора лет было уничтожено вдвое больше генералов, чем погибло в боях Великой Отечественной войны.
Гнетущая атмосфера подозрительности и недоверия сковывала инициативу командиров, некоторые из них боялись принимать серьезные решения, так как в случае неудачи их могли обвинить в умышленном вредительстве. Кроме того, публичное шельмование командиров подорвало доверие к комсоставу среди красноармейцев, ведь за короткий срок были обвинены в предательстве тысячи командиров. Возникло самое пагубное для военного организма — недоверие к комсоставу, что привело к падению воинской дисциплины и боеготовности войск.
Разрушительные последствия происшедших в армии процессов выявила советско-финская война (30 ноября 1939 г . — 12 марта 1940 г .).
Эти 105 дней развеяли миф о могуществе Красной Армии. В войне против маленькой Финляндии советские войска потеряли 126 875 человек убитыми и пропавшими без вести, раненых, заболевших и обмороженных было 264 908. Потери Финляндии были значительно меньше — 48 тыс. убитых и 43 тыс. раненых. Весь мир увидел, что Красная Армия не является серьезной военной силой, не способна вести современную войну. Сталин попытался возложить всю вину за неудачи на Ворошилова, 15 лет возглавлявшего военное ведомство, но услышал в ответ: «Ты виноват в этом. Ты истребил военные кадры». Выступая на заседании комиссии Главного военного совета (ГВС), Сталин заявил, что опыта гражданской войны уже недостаточно для руководства современной армией, что вместо ветеранов надо выдвигать на руководящие посты более молодых командиров.
7 мая 1940 г . в Советском Союзе вводятся новые воинские звания, а через месяц свыше 1000 человек стали генералами и адмиралами. Сталин сделал ставку на более молодых военачальников. Народным комиссаром обороны СССР стал 45-летний маршал С.К. Тимошенко, а начальником Генштаба — 43-летний генерал армии К.А. Мерецков. Военно-морской флот возглавил 34-летний адмирал Н.Г.Кузнецов, а Военно-воздушные силы — 29-летний генерал П.В. Рычагов. Средний возраст командиров полков в то время был 29—33 года, командиров дивизии — 35—37 лет, а командиров корпусов и командармов — 40—43 года. Новые выдвиженцы по уровню образования и опыту уступали своим предшественникам. Несмотря на большую энергию и желание, они не успели освоить свои обязанности по руководству войсками в сложных условиях.