Новый глава военного ведомства С.К. Тимошенко понимал, что армия нуждается в серьезной перестройке всей системы боевой подготовки. Он требовал учить войска тому, что нужно на войне, и только так, как это делается на войне. Резко вырос объем полевых занятий, а сами учения стали проводиться в обстановке, максимально приближенной к реальным условиям войны. Будучи горячим сторонником единоначалия в армии, Тимошенко убедил Сталина отменить введенный в 1937 г . институт военных комиссаров. Наличие в каждой воинской части полномочного комиссара вело к двоевластию, ограничивало возможности командира при решении любых вопросов. Функционирование института военных комиссаров (1937—1940) пришлось на годы массовых репрессий в армии, это обстоятельство также следовало учесть. Летом 1940 г . вместо Политуправления РККА создается Главное управление политпропаганды. Функции заместителей командиров по политчасти были сведены к политическому воспитанию красноармейцев. Нарком требовал от замполитов помогать командованию в укреплении единоначалия и повышении авторитета командира. Тимошенко подчеркивал, что без полного единоначалия невозможно навести в армии настоящий порядок и вывести ее на уровень современных требований.
В 1940—1941 гг. улучшилась боевая подготовка красноармейцев, повысилась дисциплина, однако полностью перестроить армию за столь короткий срок не удалось.
Кадровая проблема по-прежнему оставалась острой. Для качественной подготовки офицеров нужны были годы учебы и практической работы на командных должностях. Военно-учебные заведения, понеся серьезный урон от репрессий, лишившись многих опытных преподавателей, не могли в короткие сроки дать армии достаточное число квалифицированных офицеров. Количество военных академий и училищ постоянно расширялось. С июля 1939 г . по декабрь 1940 г . открылось 77 военных училищ, к лету 1941 г . действовало 203 училища и 68 курсов усовершенствования, где обучалось свыше 300 тыс. курсантов. Подготовку офицеров с высшим и специальным образованием вели 19 академий, 10 военных факультетов при гражданских вузах и 7 высших военно-морских училищ. Во всех командных академиях были восстановлены вечерние и заочные отделения. В 1941 г . в военных академиях обучалось 20300 человек (в 1939 г . — 11 500). Для переподготовки офицеров запаса сеть специальных курсов увеличилась с 22 до 93, а их емкость возросла в 9 раз. Но потребности армии выросли еще больше. Поэтому до начала войны так и не удалось ликвидировать некомплект начальствующего состава.
5 мая 1941 г . в речи перед выпускниками военных академий Сталин признал, что учебные заведения по уровню оснащения современной техникой отстают от армии, однако он уклонился от анализа причин этого явления, сведя все к консерватизму преподавателей и нерасторопности снабжающих органов.
По качественным параметрам Красная Армия в 1941 г ., безусловно, уступала фашистскому вермахту. Германскую армию отличали высокая дисциплина, прекрасная боевая выучка, первоклассная военная техника, опыт ведения современной войны, умение офицеров и генералов управлять войсками в сложных условиях, хорошее взаимодействие частей и соединений различных родов войск. Все это делало вермахт сильнейшей армией мира.
Летом 1940 г . Гитлер принял твердое решение об уничтожении СССР, время нападения зависело от продолжительности кампании: «Чем скорее мы разобьем Россию, тем лучше. Операция будет иметь смысл только в том случае, если мы одним стремительным ударом разгромим все государство целиком. Только захвата какой-то части территории будет не достаточно. Остановка действий зимой опасна. Поэтому лучше подождать, но принять твердое решение уничтожить Россию... Начало — май 1941 г . Продолжительность операции — пять месяцев. Было бы лучше начать уже в этом году, однако это не подходит, так как осуществить операцию надо одним ударом. Цель — уничтожение жизненной силы России».
После тщательной проработки и детального обсуждения нескольких вариантов войны против СССР к концу 1940 г . был подготовлен и 18 декабря утвержден план, получивший наименование «Барбаросса». Уже 29 декабря советская разведка сообщила в Москву основное содержание этого документа. К сожалению, эти сведения, как и многие другие сообщения разведки, не были по достоинству оценены советским руководством. Сталин полагал, что Гитлер не начнет войну против СССР, предварительно не разгромив Великобританию или, по крайней мере, не заключив с ней договор о мире. Решимость правительства У. Черчилля продолжать с Германией войну до победного конца, в свою очередь, убеждала Сталина в необходимости никоим образом не провоцировать Гитлера, чтобы не лишиться в лице Великобритании потенциального союзника, если Гитлер все-таки развяжет войну против СССР.