Однако хотя НДПА разрослась до 18 тысяч членов, но в широких массах народа революция поддержки не получила, а негативные явления, вроде разрушения мечетей и глумления над мусульманскими святынями, сразу стали отталкивать от правящей партии широкие слои крестьянства и кочевников. 10 мая 1978 г. руководством НДПА была опубликована программа реформ, включающая создание независимой экономики, продолжение аграрных преобразований, «ликвидацию феодализма», обеспечение равноправия народностей страны и, в конечном счете, построение социализма. По примеру ленинского, 30 ноября 1978 г. был издан «Декрет о земле», по которому предполагалось изъять у 3,5 тысячи землевладельцев 740 тысяч гектаров земли. Более 11 млн крестьян (80 % сельского населения) были освобождены от долгов. Однако религиозные вожди объявили, что конфискация земли – нарушение законов ислама, охраняющих собственность. Землевладельцы к тому же пользовались большим авторитетом в народе, и землю никто не хотел брать.
Тогда революционное правительство объявило «Братьев-мусульман» врагами государства и начало против них репрессии, о чем публично 22 сентября заявил Тараки. Духовенство в свою очередь создало Национальный фронт спасения с центром в Исламабаде (Пакистан), возглавил который Бурхануддин Раббани. В этот центр вошло восемь радикальных исламских группировок. Восстания вспыхнули в Панджшерской долине, где властвовал Ахмат-шах Масуд, в Кандагаре и Герате. Правительство НДПА в борьбе с повстанцами применило отравляющие вещества и напалм, уничтожив несколько деревень. После этих варварских акций сопротивление левым вспыхнуло с утроенной силой. Повстанцам начали оказывать помощь оружием Пакистан, Саудовская Аравия, Египет и Израиль.
Однако внутри самой правящей партии назревал раскол. Противоречия между Хальком и Парчамом с приходом НДПА к власти обострились. Власть в партии все более захватывали халькисты, применив против парчамистов репрессии. 1 июня Амин с согласия Тараки провел чистку, в результате которой Кармаль, Наджибулла и ряд других чиновников были отстранены от власти и направлены послами в различные страны, в частности, Кармаль – в Чехословакию, а Наджибулла – в Иран. 17 августа был арестован министр обороны Кадыр и около 800 сержантов и офицеров армии. Амин хотел их всех физически уничтожить. Советский Союз через посла Пузанова пытался воздействовать на руководство ДРА, и на этот раз массовой казни удалось избежать. Амин начал раздувать культ личности Тараки. В начале декабря 1978 г. между Афганистаном и СССР был подписан договор о дружбе из 15 статей, опирающийся на договоры 1921 и 1931 гг. В статьях договора говорилось об экономической и культурной помощи. Статья 4 оговаривала и вопросы военной помощи для обеспечения целостности и безопасности страны. 28 декабря 1978 г. Амин через Пузанова потребовал 20 миллионов рублей, которые были переданы афганскому руководству. В феврале 1979 г. Председатель Совета Министров СССР А. Н. Косыгин предложил афганскому режиму расширенную помощь.
Между тем обстановка вокруг Афганистана становилась критической. В январе-феврале 1979 г. в Иране произошел переворот, шах Реза Пехлеви был свергнут с престола, а к власти пришел радикальный исламский фундаменталист аятолла Хомейни. В марте 1979 г. в Пакистане произошел переворот Зия-уль-Хака. Таким образом, соседние с ДРА страны обрели радикальные исламские правительства. Оба режима поддержали исламских повстанцев в Афганистане. В этих обстоятельствах Политбюро ЦК КПСС решило усилить военную помощь Афганистану. За партийно-политические отношения отвечал секретарь ЦК КПСС Пономарев, а за военные – командующий сухопутными войсками генерал армии Павловский.
15 марта 1979 г. началось восстание в Герате. 17-я дивизия афганской армии частично перешла на сторону восставших, а все офицеры-халькисты были убиты. К 17 марта власть в Герате фактически взяли партизаны. Погибли, в том числе, и несколько советских советников и члены их семей. Тараки и Амин в панике звонили в Москву, требуя ввода советских войск «для спасения революции».