В сентябре основное внимание «Саюдиса» было сосредоточено вокруг Игналинской АЭС. Обнаружилось, что, вопреки заверениям местных властей, третья очередь этой электростанции, построенной по проекту Чернобыля, все же будет возводиться, что проектирование и финансирование проекта продолжается обходным путем – через Ригу. Эти сведения появились в печати. В довершение всего 5 сентября возник пожар на электростанции. Атомную электростанцию пришлось остановить полностью. В конце недели вокруг электростанции собралось 15 тыс. человек с намерением провести там двое суток, требуя остановить АЭС навсегда. В республике начались перебои с подачей электроэнергии. Только к концу месяца внимание общества переключилось на другое.
Это была опять историческая тема – торг Сталина с Гитлером о Литве и окончательной передаче ее Советскому Союзу согласно дополнительным договоренностям от 28 сентября 1939 г. Вечером 28 сентября ЛСЛ призвала народ собраться на митинг в Вильнюсе. Власти, в свою очередь, приняли решение разогнать демонстрацию, поскольку инициаторами ее были крайне правые. Организаторы демонстрации планировали поднять на башне Гедеминаса в Вильнюсе национальный трехцветный флаг, зная, что это вызовет сопротивление властей и возможное насилие. До начала демонстрации площадь Гедеминаса была заполнена внутренними войсками. Демонстранты вынуждены были собраться в небольшом сквере около Министерства внутренних дел, военные стали разгонять демонстрантов, и там в ход пошли дубинки с одной стороны и камни – с другой. Последовали аресты. Были раненые. Когда демонстранты разошлись по Старому городу и наступили вечерние сумерки, военные оставили пустующую площадь. Народ быстро занял освободившийся сквер Гедеминаса, и 15-тысячное собрание вступило в свои права. Попытка властей запугать население провалилась. 4 октября состоялся чрезвычайный пленум литовской компартии, на котором было решено уступить требованиям народа и поднять национальный флаг над башней Гедеминаса. 4 октября в 10 утра в присутствии ликующей толпы красный флаг Литовской ССР был спущен, а национальный флаг поднят.
Противостояние партийных властей саюдистам стало стремительно размываться в связи с тем обстоятельством, что многие рядовые коммунисты участвовали в движении «Саюдис». В октябре 1988 г. секретарем партийной организации Вильнюсского университета стал Б. Гензелис – один из активистов «Саюдиса». Он отменил преподавание научного коммунизма и других предметов идеологического цикла, заменив их историей философии и политологией. Тогда же с поста первого секретаря вынужден был уйти Сонгайла, на его место был назначен А. Бразаускас. Чрезвычайный пленум ЦК обвинил первого секретаря Сонгайла и второго секретаря Митькина в том, что разгоном демонстрантов они подорвали доверие народа; районные секретари обвиняли первых партийцев республики в том, что те, оглядываясь на Москву, привели республику к экономическим проблемам. На место ненавистного ставленника Кремля Митькина был избран местный русский В. Березов.
22–24 октября 1988 г. состоялся «великий сейм Вильнюса», организованный «Саюдисом». Партийная верхушка старалась участвовать в этом мероприятии, показывая, что она намерена работать вместе с народом в решении проблем, поставленных общественностью на повестку дня. На сейм собрался 1021 делегат, почти все были литовцами по национальности. Выступил новый лидер литовской компартии Бразаускас. Аудитория периодически его высмеивала, однако он сумел завоевать слушателей и ушел на место, сопровождаемый аплодисментами. Он обещал, что компартия и «Саюдис» будут работать вместе. На сейме было объявлено, что партия и правительство возвращают кафедральный собор Католической Церкви. Это вызвало неописуемый восторг среди участников, и было решено незамедлительно отправиться шествием из Дворца спорта на соборную площадь. Опять речь, наряду с лидерами «Саюдиса», произносил Бразаускас. Радость была неописуема, народное гуляние продолжалось далеко за полночь, а утром архиепископ Вильнюсский кардинал Винсентас Сладкявичус служил литургию на пороге возвращенного собора при огромном стечении народа.
Летом, поддержанная Горбачевым, Литва получила право с 1 января 1990 г. осуществлять хозяйственную самостоятельность. Однако когда к 50-й годовщине пакта Риббентропа – Молотова Литва законодательно приняла резолюцию о его незаконности, Москва стала протестовать. Свою правоту «Саюдис» и литовская компартия отстаивали вместе.