Летом 2003 г. Генпрокуратура возбудила несколько уголовных дел против руководителей нефтяной компании «ЮКОС» во главе с Михаилом Ходорковским. Поначалу арест Ходорковского вызвал протест со стороны ведущих организаций российского бизнеса (Российский союз промышленников и предпринимателей, «Деловая Россия» и «Опора России»), как и негативную оценку премьер-министра Михаила Михайловича Касьянова. Но после того как российский Президент потребовал от нарушивших лояльность членов правительства «прекратить истерику», а лидерам бизнеса посоветовал не вмешиваться в дела судебной власти, фронда прекратилась. Вместе с тем Президент подчеркивал, что судебное преследование олигархов вызвано грубым нарушением ими конкретных законов и что «никаких обобщений, аналогий, прецедентов, тем более связанных с итогами приватизации, не будет». Наряду с политическими изменениями на рубеже первого и второго сроков президентства В. Путина было предпринято коренное переустройство государственного аппарата – так называемая административная реформа. Идея реформы заключалась в распределении основных функций исполнительной власти: 1) разработки государственной политики и нормотворчества; 2) оказания услуг, управления государственным имуществом и правоприменения; 3) контроля и надзора – между самостоятельными органами в каждой из ключевых отраслей государстенного управления. Таким образом, предполагалось сократить число федеральных ведомств, повысить через «разделения труда» эффективность их работы и создать механизмы контроля одних ведомств над другими.
Реформа с самого начала подвергалась критике за свою половинчатость и непоследовательность. В частности, хозяйственно-административные (агентства) и контрольные (службы) органы, став самостоятельными, сохранили, однако, определенную зависимость от министерств. Службы и агентства находятся
Другим важным направлением административной реформы стало упорядочение работы федеральных исполнительных органов с физическими и юридическими лицами. По замыслу авторов реформы, деятельность чиновника при любом «соприкосновении» с гражданином или фирмой – будь то налогоплательщик, учредитель юридического лица, собственник недвижимости и т. д. – должна быть строго, детально регламентирована, буквально по минутам. Права и обязанности лица при обращении в государственные органы также должны быть определены максимально четко, равно как и способы защиты прав. Таким образом, предполагалось создать гарантии против коррупции и повысить эффективность и скорость работы чиновников. Новые правила вводились в форме