К 1991 г. в Молдавии сложилось мощное национально-демократическое движение, возглавляемое Народным фронтом и добившееся больших политических успехов. Его лидерам удалось мобилизовать широкие массы, недовольные постоянно ухудшавшимся социально-экономическим положением и острой межэтнической конкуренцией. Народный фронт требовал аннулировать последствия германо-советского договора 1939 г., провозгласить молдавский язык единственным государственным языком и перевести его на латинскую графику. Он выступал за политическую и экономическую самостоятельность, а затем и национальную независимость Молдавии, признание молдавского языка идентичным румынскому и за объединение с Румынией. В Кишиневе состоялись многотысячные манифестации под антикоммунистическими и антирусскими лозунгами. На первых свободных выборах в Верховный Совет республики Народный фронт завоевал большинство мест. При его поддержке председателем Верховного Совета, а затем президентом в 1990 г. был избран секретарь ЦК КП Молдавии, в прошлом председатель колхоза Мирча Снегур.
Общество раскололось по политическому и социально-территориальному признакам. До сих пор не прекращаются дебаты между сторонниками
Конфликт с Приднестровьем привел к снижению популярности Народного фронта. Большинство жителей Молдавии не желало скорого объединения с Румынией. Сохранилась память о том, что в период совместного существования Бессарабии и Румынии (1918–1940) румыны относились к молдаванам как к гражданам второго сорта. На внеочередных парламентских выборах в феврале 1994 г. победу одержала центристская Аграрная партия во главе со Снегуром, выступавшая за независимость страны. Много голосов получили также Партия коммунистов Республики Молдовы (ПКРМ) и другие левые силы.
Новому правительству удалось урегулировать свои отношения с национальными движениями, популярными в районах компактного расселения этнических меньшинств – гагаузов и болгар, проживающих в основном соответственно в Комратском и Тараклийском районах. Им была предоставлена автономия. Одновременно наметился некоторый прогресс в переговорах с ПМР. Вместе с тем, националисты – сторонники объединения с Румынией сохраняли определенное влияние, особенно среди интеллигенции и студентов. В стране шли бурные дебаты о новых конституционных положениях, предусматривавших самостоятельность Молдавии, о названии государственного языка (молдавский или румынский). Снегур оставил руководство Аграрной партией в результате разногласий с другими ее лидерами.
Во втором туре президентских выборов в конце 1996 г. бывшему первому секретарю ЦК КП Молдавии Петру Лучинскому, ставшему к тому времени председателем парламента и отошедшему от коммунистов, удалось при поддержке центристских и левых сил получить больше голосов, чем Снегуру. Лучинский стремился строить правовое государство и продолжить рыночные реформы, начатые при его предшественнике, а во внешней политике держать курс на интеграцию с европейскими странами, внешне сохраняя нейтралитет и достаточно хорошие отношения с Россией. Однако жизнь людей в стране быстро ухудшалась, что вело к усилению ПКРМ, подвергавшей политику Лучинского все более резкой критике.
На парламентских выборах 1998 г. ни одна партия не получила решающего перевеса, и было сформировано коалиционное правительство. Новый парламент провозгласил государственным языком румынский. Лучинский попытался преобразовать Молдавию из парламентской республики в президентскую, однако предложенные им поправки к конституции не получили одобрения на референдуме, проведенном в мае 1999 г. Более того, ПКРМ и ее союзники добились принятия своих поправок к конституции. С 2001 г. президент избирается не населением, а парламентом. На досрочных выборах в феврале 2001 г. подавляющее большинство голосов получила ПКРМ, завоевавшая в парламенте 76 мест из 100, и вскоре ее лидер Владимир Воронин стал президентом.