На ход конфликта большое влияние оказали географические факторы: территория Приднестровья вытянута узкой лентой вдоль левого берега Днестра (ее минимальная ширина – всего 3 км), но включает значительный город Бендеры на правом берегу, расположенный почти напротив Тирасполя. В то же время некоторые молдавские села на левом берегу с самого начала конфликта попали под контроль Кишинева, силы которого пытались использовать их как естественные плацдармы. В середине июня при посредничестве России сторонам, наконец, удалось достичь соглашения об основных принципах урегулирования конфликта, которые были с воодушевлением одобрены парламентом Молдовы. Правительство ушло в отставку. Но всего через сутки формирования Молдовы атаковали безоружный город Бендеры, в котором учинили неслыханные жестокости. Погибли сотни мирных жителей, многие предприятия и дома были разграблены.
Дальнейшему кровопролитию положила конец твердая позиция генерала Александра Лебедя, нового командующего 14-й армией, расквартированной под Тирасполем и незадолго до этого перешедшей под юрисдикцию России. 21 июля 1992 г. Борисом Ельциным и президентом Молдовы Мирчей Снегуром в присутствии Игоря Смирнова было подписано соглашение о принципах мирного урегулирования. Тогда же был сформирован миротворческий механизм на основе Объединенной контрольной комиссии (ОКК) и Объединенных миротворческих сил России, Молдовы и ПМР. Приднестровские беженцы смогли вернуться в свои дома. Однако переговорный процесс до сего времени не привел к окончательному разрешению конфликта.
С 1993 г. к мирному процессу присоединилась ОБСЕ. В 1995 г. президентами Молдовы и ПМР было подписано Соглашение о поддержании мира и гарантиях безопасности, в котором стороны обязались не применять военную силу и не оказывать политическое, экономическое или иные формы давления друг на друга. Гарантами соблюдения этого соглашения стали Россия, Украина и ОБСЕ. Тем самым ПМР признана полноправным участником переговоров. В начале следующего, 1996 г. Молдова, подписав так называемый Протокол согласованных вопросов, согласилась с тем, что Приднестровье имеет право на принятие своей конституции, законов и нормативных актов, на собственную государственную символику и самостоятельные международные контакты в экономической, научно-технической и культурной областях. Таким образом, ПМР получила возможность развивать свои внешнеэкономические связи, что было для нее жизненно важно.
В 1997 г. тогдашний президент Молдовы Петр Лучинский и Игорь Смирнов торжественно подписали в Москве в присутствии президентов Ельцина, Кучмы и председателя ОБСЕ меморандум «Об основах нормализации отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем». В нем подтверждались ранее достигнутые соглашения и гарантировалось право Приднестровья принимать участие в осуществлении внешней политики Молдовы по вопросам, затрагивающим его интересы. В документе содержалось также важное положение о том, что стороны обязуются «строить общее государство в рамках международных границ Республики Молдова и Приднестровья». В 1998 г. стороны договорились о мерах доверия и развитии контактов. Была значительно сокращена численность миротворческих сил между Республикой Молдова и Приднестровьем, а в зону безопасности в качестве наблюдателей были введены украинские миротворцы.
Однако быстро обнаружилось, что формулу «общее государство» стороны понимали совершенно по-разному. Кишинев выражал готовность предоставить Приднестровью особый статус (автономию) и делегировать ему некоторые компетенции, сохранив унитарное государственное устройство. Тирасполь считал, что Приднестровье и Молдова должны иметь равный государственно-правовой статус.
Вопреки ожиданиям, после избрания на президентский пост коммуниста Воронина отношения между Кишиневом и Тирасполем резко ухудшились. В конце 2003 г. руководитель Молдовы в последний момент отказался от подписания плана урегулирования, получившего известность как «меморандум Козака» (по имени руководителя российской делегации на переговорах Д. Козака, в то время заместителя главы Администрации Президента РФ). Согласно этому плану, Молдавия трансформировалась бы в асимметричную федерацию, в которую входили бы два субъекта – Приднестровье и Гагаузия, а остальная территория напрямую управлялась бы федеральным центром. В общем парламенте Приднестровье имело бы достаточно депутатов, чтобы блокировать невыгодные ему решения. Россия стала бы гарантом урегулирования, а ее небольшие миротворческие силы (1200 военнослужащих) оставались бы в Приднестровье на 20 лет. Фактически это означало устранение ОБСЕ из числа активных субъектов урегулирования. Именно это не устроило западную сторону, которая оказала на Воронина сильное давление.