Еще много месяцев в Мингрелии шла партизанская война между правительственными отрядами и сторонниками Гамсахурдиа, чей род происходит из этих мест. В Батуми укрепил свои позиции бывший первый секретарь Аджарского обкома КП Грузии и потомок владетельных князей Аджарии Аслан Абашидзе, фактически установивший в этой части страны свою диктатуру и одно время претендовавший на власть над всей Грузией.
Центральные власти не контролировали не только бывшие автономии, но и значительную часть собственно Грузии. К 1994 г. Грузия потеряла около 65 % своего ВВП по состоянию на 1991 г. (глубже падение было только в Таджикистане). Промышленное производство упало почти в 10 раз, крупные предприятия остановились. Развилась галопирующая инфляция. В Тбилиси и других городах население страдало зимой от отсутствия тепла, воды и электричества. Сотни тысяч мигрантов спасались бегством в другие страны, прежде всего в Россию.
Фактическое исчезновение государства ярко выразилось в резком сокращении и огромном дефиците бюджета и его неспособности финансировать даже минимально необходимые социальные нужды. Внутренний рынок был наводнен контрабандными товарами, поступавшими через Аджарию, в которой находится единственный сухопутный пограничный переход в Турцию, и через Южную Осетию, в которую проходит Транскавказская магистраль в Россию. Сохранившаяся часть экономики была криминализована, процветала коррупция.
Семья Шеварднадзе постепенно захватила контроль над большинством доходных сфер деятельности. Со временем экономическая ситуация начала улучшаться, возобновился хозяйственный рост, но до решительных сдвигов было еще далеко. Кланово-коррупционный режим не смог полностью стабилизировать и восстановить государство. Инвестиции были низкими, страна все более отставала от своих соседей. Из-за слабости государства правящему клану не удалось подавить оппозицию. Несмотря на постоянные фальсификации выборов, Грузия оставалась сравнительно демократической страной.
Во внешней политике Грузия при Шеварднадзе придерживалась типичной для большинства постсоветских стран политики «качелей»: стараясь сохранять терпимые отношения с Москвой, она в то же время играла на противоречиях между Россией и Западом. Со временем, однако, грузинские «качели» отклонялись все дальше на запад. Грузия не могла обойтись без западной помощи, составлявшей значительную часть государственного бюджета. Вступив при Шеварднадзе с опозданием в СНГ, Тбилиси предпринимал все возможные меры, чтобы избавиться от односторонней экономической, энергетической, транспортной и политической зависимости от России, компенсировать недостатки своего геополитического положения.
Грузия с энтузиазмом поддержала строительство нефтепроводов Баку – Супса и Баку – Тбилиси – Джейхан в обход России, что вызвало в Москве явное неудовольствие. Постоянным и все большим раздражителем в двусторонних отношениях оставалась политика Кремля по отношению к Абхазии и Южной Осетии. С одной стороны, поддерживая суверенитет и территориальную целостность Грузии, Россия сыграла важнейшую роль в прекращении огня и выполняла посреднические функции между сторонами. С другой, она прямо или косвенно оказывала непризнанным республикам экономическую поддержку. Грузинское руководство повело линию на вытеснение российских миротворцев и замещение их «международными» (т. е. западными) силами.
Вскоре после начала второй чеченской войны Россия обвинила Грузию в помощи чеченским сепаратистам. Действительно, расположенные вблизи границы с Чечней на территории Грузии чеченские аулы в Кистинском ущелье использовались боевиками как перевалочная база, через которую они получали жизненно важную для них внешнюю поддержку, там формировались и отдыхали чеченские отряды. Раненые боевики лечились в тбилисских больницах. Россия потребовала ликвидировать базы в Кистинском ущелье, пропустить через территорию Грузии подразделения своих пограничников, чтобы блокировать Чечню, и предложила совместно охранять чеченский участок границы. Тбилиси пропустить российских военнослужащих отказался, сославшись на нежелание быть еще глубже вовлеченным в кавказские конфликты, и в свою очередь, обвинил Москву в бомбардировках и обстрелах грузинской территории.
Шеварднадзе заявил о том, что Грузия скоро «громко постучится в двери НАТО». Укреплялось военно-техническое сотрудничество между Грузией и США, которые бесплатно предоставили ей подержанную военную технику. Под предлогом борьбы с международным терроризмом после террористических актов в США, в Грузии появились американские военные инструкторы. В ответ Москва ввела в 2000 г. визовый режим, что явилось для Грузии чувствительным ударом.