События в Южной Осетии напрямую затрагивали интересы России. Общественные движения Северной Осетии и других северокавказских республик с самого начала поддержали осетинскую сторону. Северная Осетия перекрыла газопровод, по которому российский газ поступал в Грузию. Добровольцы из Северной Осетии сражались в южноосетинских отрядах. Конфедерация горских народов Кавказа сформировала отдельный батальон, который, однако, не был пропущен через перевал. После начала конфликта в Северную Осетию прибыло не менее 40 тыс. беженцев из бывшей ЮОАО и других районов Грузии. Некоторые эксперты оценивают их число даже в 100 тыс. (всего в Грузинской ССР проживало 160 тыс. осетин). Массовый приток беженцев сильно осложнил социально-экономическую ситуацию в Северной Осетии и способствовал там радикализации национального сознания.
Как раз в то время воодушевленное принятым Верховным Советом СССР в апреле 1991 г. законом о реабилитации репрессированных народов ингушское национальное движение требовало восстановления прежних границ с Северной Осетией (после ликвидации Сталиным Чечено-Ингушской АССР Осетии был передан ряд пограничных с ней районов Ингушетии). Беженцы стали основой формирований, готовых с оружием в руках отстаивать спорные земли. Кровавый осетино-ингушский конфликт 31 октября – 4 ноября 1992 г., остановленный Российской армией, породил не менее 40 тыс. беженцев – в основном ингушей, изгнанных из Пригородного района. Многие их дома до сих пор заняты выходцами из Южной Осетии. Таким образом, грузино-осетинский конфликт грозил дестабилизировать обстановку на всем Северном Кавказе. В свою очередь, из бывшей ЮОАО выехало около 10 тыс. грузин.
Российская сторона требовала от Грузии прекратить кровопролитие. 22 июня 1992 г. Ельцин и новый президент Грузии Шеварднадзе подписали так называемые Дагомысские соглашения, предусматривавшие прекращение огня, создание органа для урегулирования конфликта – Смешанной контрольной комиссии и ввод в район конфликта совместных российско-грузинско-осетинских миротворческих сил.
В течение нескольких лет в Южной Осетии было сравнительно спокойно, хотя экономика ее оставалась в тяжелом состоянии. В условиях сложных двусторонних отношений между Россией и Грузией транспортная артерия Цхинвал-Владикавказ обеспечивала товарообмен между ними, значительную часть которого составляла «серая» торговля или просто контрабанда. Именно через Цхинвал в Северную Осетию в 1990-х гг. шел контрабандный спирт, на котором поднялось мощное полуподпольное производство водки (доля республики в общероссийском производстве ликерно-водочных изделий возросла с 1,4 % в 1990 г. до 7,1 % в 2003-м). На Эргнетском оптово-розничном рынке около Цхинвала, известном всей Грузии, во многом держалось хозяйство Южной Осетии.
После введения в 2000 г. Россией визового режима с Грузией, обвиненной в нежелании сотрудничать в борьбе с чеченскими сепаратистами, жители Южной Осетии и Абхазии сохранили возможность свободно въезжать на российскую территорию. Более того, вскоре российские паспорта были выданы большинству населения Южной Осетии. Это вызвало резкие протесты Грузии. При этом в течение долгого времени для грузинской стороны не существовало самого понятия «Южная Осетия»: ее именовали Цхинвальским районом или Самачабло (землей князей Мачабели).
Администрация Саакашвили, нарушая в 2004 г. Дагомысские соглашения, ввела в зону конфликта войска, а ее представители прямо заявляли о намерении решить вопрос силой. Грузия стремится заменить российские миротворческие подразделения в Южной Осетии международными силами.
В августе 2004 г. начались обстрелы Цхинвала и появились новые жертвы среди мирных жителей. Ход боевых столкновений между грузинскими и осетинскими силами диктовался особенностями географии и расселения, ставящими Южную Осетию в невыгодное положение по сравнению с другими самопровозглашенными республиками. Осетинские села чередуются с грузинскими, причем центр республики Цхинвал отрезан от Северной Осетии так называемым Лиахвинским коридором, в котором проживает грузинское население. Со временем обе стороны построили рокадные дороги, соединяющие, с одной стороны, Цхинвал с Северной Осетией, а с другой – город Гори с Лиахвинским коридором, и бои развернулись за контроль над этой дорогой и высотами над Цхинвалом. В конце концов, при посредничестве России удалось достичь соглашения о прекращении огня и разведении войск.