В переходный период внутриполитическую и экономическую ситуацию в Азербайджане сильно отягчала проблема Нагорного Карабаха. Серия поражений в карабахской войне совпала с распадом СССР, кризисом власти и экономической разрухой. Националистическая оппозиция, объединившаяся в Народный фронт, устраивала в Баку грандиозные манифестации. В итоге последний коммунистический руководитель Азербайджана Аяз Муталибов был свергнут и к власти пришел протурецки настроенный лидер Народного фронта А. Эльчибей. Система государственного управления распадалась на глазах, реальная власть переходила к лидерам полукриминальных кланов и полевым командирам. Начались волнения среди национальных меньшинств – лезгин, разделенных государственной границей между Азербайджаном и российским Дагестаном, и талышей. Азербайджан превратился в страну массовой эмиграции: люди бежали от нищеты – в основном в Россию.
Один из полевых командиров, С. Гусейнов, поднял вооруженный мятеж против руководства Народного фронта. Эльчибей бежал из Баку. В этой ситуации к власти был призван бывший первый секретарь ЦК КП Азербайджана (1969–1982), а затем член Политбюро ЦК КПСС и первый заместитель Председателя Совета Министров СССР (1982–1987) Гейдар Алиев, который к тому времени возглавлял администрацию на своей родине, в бывшей Нахичеванской АССР. Позже Г. Алиев был избран президентом и уже через год избавился от назначенного премьер-министром С. Гусейнова, обвиненного в подготовке нового путча. Алиев пользовался в Азербайджане большим авторитетом, прекрасно знал его проблемы и обладал разветвленными связями в элите. Он сумел постепенно восстановить государственное управление.
Его успех объяснялся тремя причинами. Во-первых, понимая, что в условиях продолжавшихся военных действий в Нагорном Карабахе выйти из экономического кризиса невозможно, Г. Алиев пошел на компромисс с армянской стороной и заключил соглашение о прекращении огня. Это было тяжелое решение, так как страна потеряла одну пятую территории, и около миллиона азербайджанцев стали беженцами. Многие в Азербайджане хотели продолжения войны.
Во-вторых, Алиев пошел на заключение с западными крупными нефтяными монополиями кабальных, на первый взгляд, соглашений. Добыча нефти, основного богатства Азербайджана, на старых скважинах еще с советского времени непрерывно падала, а для освоения новых глубоководных морских месторождений у Азербайджана не было ни средств, ни технологий. Поэтому иного выхода не оставалось. Западные компании вложили крупные средства и создали необходимую инфраструктуру, построили экспортные нефтепроводы – сначала от Баку от грузинского порта Супса близ Батуми, а затем грандиозный нефтепровод Баку – Тбилиси – Джейхан (Турция). Азербайджанская государственная нефтяная компания получила за допуск иностранных инвесторов к новым месторождениям на льготных условиях, без всяких пошлин, всего 10 % добываемой нефти, но и этого на первых порах хватило, чтобы с началом эксплуатации новых буровых платформ в 2001 г. дать национальной экономике мощный импульс.
Развитие нефтедобычи означало не только появление новых рабочих мест, но и позволило национальным компаниям накопить опыт партнерства с передовыми западными фирмами, ускорить создание современной рыночной инфраструктуры, соответствующей самым высоким стандартам. Более поздние соглашения о разведке и добыче нефти были заключены уже на гораздо более благоприятных для Азербайджана условиях.
В-третьих, доходы от экспорта нефти были направлены не на потребление узких групп элиты, а для пополнения специального фонда, используемого в целях экономического развития.
В-четвертых, Гейдар Алиев сразу же отказался от националистической идеологии пантюркизма, исповедуемой Эльчибеем, и взял курс на построение сильного государства, которое могло бы отстаивать национальные интересы на основе более сбалансированных отношений с внешним миром, в том числе с Россией. После смерти Г. Алиева в 2003 г. к власти пришел его сын Ильхам, которого отец готовил на пост президента. После того, как Алиев-младший сумел предотвратить победу оппозиции на парламентских выборах 2005 г., для чего ему пришлось арестовать соратников отца, его стали воспринимать как самостоятельного сильного правителя.
В последние годы, с быстрым ростом добычи нефти (в 2005 г. – 22 млн т), Азербайджан не только вышел по темпам роста ВНП на первое место в послесоветском пространстве, но и стал одной из самых быстроразвивающихся стран в мире. В 2005 г. его ВНП вырос на 24 %. В нефтяную промышленность вложено уже свыше 15 миллиардов долларов иностранных капиталовложений. Только за три года (2003–2005) создано более 170 тыс. новых рабочих мест. Резко ускорилось строительство жилья, новых дорог, другой инфраструктуры. В 2005 г. ВВП на 15 % превысил уровень 1991 г. (на минимальной отметке в 1995 г. он составлял от него всего около 40 %).