Вместе с тем, Киргизия осталась бедной аграрной страной. ВВП на душу населения по паритету покупательной способности составил в 2005 г. около 2000 долл., а в абсолютном исчислении – всего 500 долл. Безработица оценивается в 18 %, около 40 % населения живет ниже уровня бедности (2004). Экономика Киргизии сильно зависит от экспорта всего нескольких сельскохозяйственных продуктов (хлопка, шерсти, табака), но особенно – золота, добываемого на высокогорном месторождении Кумтор в Нарынской области. Экспорт золота настолько важен, что резкое падение добычи на Кумторе в 2002 г. повлекло уменьшение всего ВНП. Крупные предприятия, закрывшиеся после распада СССР, за исключением горнодобывающих комбинатов, не восстановлены. Узкая, почти монокультурная экономическая специализация являет разительный контраст с советским периодом, когда обрабатывающая промышленность обеспечивала до четверти национального продукта республики.
Членство в ВТО не привело к притоку иностранных инвестиций, а лишь превратило Бишкек в перевалочный пункт на пути импорта дешевых товаров преимущественно китайского производства в другие страны Центральной Азии, что вызвало ужесточение пограничного режима ее соседями. Длительное время страна сводила концы с концами лишь благодаря внешнему заимствованию и иностранной помощи. Сейчас одна из главных экономических проблем – огромный внешний долг, достигший более 2 млрд долл. (90 % ВВП). К 2005 г. ВВП страны едва достиг 85 % уровня 1991 г.
Киргизия остается страной массовой эмиграции. С 1989 г. из нее выехало свыше полумиллиона русскоязычных граждан (около 10 % всего населения). Там пока насчитывается около 600 тыс. славян, но их численность продолжает убывать. По признанию руководства страны, отъезд русскоязычного населения нанес большой вред экономике, поскольку среди эмигрантов значительную часть составляли квалифицированные специалисты. Еще в начале 1990-х гг. были приняты меры, чтобы остановить их отток. В 1996 г. в конституцию внесена поправка, провозгласившая русский язык официальным наравне с киргизским. Киргизия и Белоруссия единственные страны в СНГ, где русский язык имеет такой статус.
Однако страну покидают не только русские. От 350 тыс. до 500 тыс. киргизов постоянно или временно работают за рубежом – в России или Казахстане. Переводы трудовых мигрантов родственникам в Киргизстане составляют примерно половину государственного бюджета. В новую редакцию конституции, принятую в конце 2006 г., введена норма о возможности получения гражданами Киргизии другого гражданства. Так слабое киргизское государство стремится смягчить последствия массовой эмиграции.
Сложное экономическое положение Киргизии, нарастающий разрыв в доходах между наиболее зажиточной и беднейшей частью населения вызывали растущее недовольство, усугубленное узурпацией семьей Акаева и приближенными к ней кланами государственных постов и контроля над наиболее прибыльными предприятиями и сферами деятельности. Самым богатым человеком Киргизии был зять президента, контролировавший горнодобывающую промышленность, в том числе рудник в Кумторе, авиатранспорт, телекоммуникации, энергетику, сбыт нефтепродуктов, банковскую сферу, производство алкогольной продукции, единственный в стране крупный цементно-шиферный завод и основной медиахолдинг.
Такое положение никак не устраивало отстраненную от власти часть элиты. Политическая жизнь Киргизии определяется противоборством нескольких северных и южных кланов, осложняемым геополитическим положением страны. Страна разделена высокими и труднопроходимыми горными массивами на северную и южную части, которые соединяет лишь автодорога Бишкек – Ош. Сообщение через горные перевалы нередко прерывается снегопадами, осыпями и лавинами. Но даже и эта дорога пересекает небольшой участок территории Узбекистана. Другие коммуникации проходят на большей части своей протяженности через Узбекистан.
Север и юг Киргизии значительно различаются по хозяйственной специализации, культурным и религиозным особенностям. На севере расположены основные промышленные предприятия, там проживает большая часть русского населения, причем не только в Бишкеке и других городах, но и в сельской местности – в Чуйской долине, в которой и расположена столица. Общественные отношения более затронуты процессами модернизации, исламские традиции слабее.