В марте 1992 г. начался круглосуточный антиправительственный митинг исламистов на одной из центральных площадей Душанбе, поводом для которого послужили выступления на очередной сессии Верховного Совета. Чуть позже на соседней площади собрались десятки тысяч манифестантов, поддерживавших правительство и не желавших превращения Таджикистана в исламскую республику. В мае представители исламистов были введены в правительство, но уступки оппозиции, сделанные Набиевым, только усилили противостояние. Представители старой номенклатуры в правительстве начали формировать отряды Национальной гвардии, состоявшие в основном из кулябцев. Оппозиция, в свою очередь, создала массовое ополчение. Обозначился резкий раскол общества по политическому и кланово-родовому признакам. При этом экстремисты преследовали русскоязычное население, совершали нападения на части российской 201-й мотострелковой дивизии, расквартированной около Душанбе.
В июне противники исламистов во главе с криминальным «авторитетом» Сангаком Сафаровым подняли мятеж в Кулябе. Их поддержали ходжентские кланы на севере. Началась гражданская война, продолжавшаяся около пяти лет. На стороне исламистов, сформировавших силы Объединенной таджикской оппозиции (ОТО), воевали выходцы из Гарма, Каратегина и Горного Бадахшана. В сентябре мятежники, объединившиеся в рядах Народного фронта, захватили Курган-Тюбе, в декабре – Душанбе. После низложения правительства председателем Верховного Совета в ноябре 1992 г. стал бывший директор совхоза из Кулябской области Эмомали Рахмонов. В 1994 г. он был избран президентом.
Исламисты отступили на восток страны и в соседний Афганистан. Однако при поддержке афганских талибов ОТО продолжала боевые действия из подполья или используя отряды боевиков. Правительству Э. Рахмонова не удавалось установить контроль над обширной частью территории страны. Во многих районах начался голод.
Россия не хотела прихода исламистов к власти в Таджикистане, так как это грозило дестабилизировать другие страны региона и, более того, нарушить геополитический баланс во всей Азии. В России вызывала тревогу растущая контрабанда наркотиков из Афганистана через Таджикистан, служившая источником финансирования исламистов, а также переброска ими террористов и наемников на Северный Кавказ. По соглашению с таджикским правительством российские пограничные отряды оставались на бывшей советской границе с Афганистаном и выдерживали каждодневный натиск моджахедов и вооруженных контрабандистов, пытавшихся прорваться в Таджикистан. Большую озабоченность ситуацией в Таджикистане проявляли также Казахстан и Киргизия.
Узбекское руководство также опасалось угрозы безопасности и территориальной целостности своей страны в случае победы исламистов. Узбекистан поддержал Народный фронт. Отношения между Таджикистаном и Узбекистаном всегда были сложными. Таджики считают себя самым древним народом Центральной Азии. Многие полагают Самарканд и Бухару таджикскими городами, оказавшимися в составе Узбекистана лишь в результате советского территориально-государственного размежевания, лишившего республику исторических очагов таджикской культуры и государственности – «загнавшего таджиков в горы». В то же время узбекские власти позиционируют свою страну как главную и самую сильную в регионе и рассматривают именно узбеков как основных наследников традиций древней Центральной Азии. Между Таджикистаном и Узбекистаном традиционны противоречия в распределении водных ресурсов: Таджикистан контролирует сток рек, протекающих по территории Узбекистана и Туркменистана. 17 % населения Таджикистана – узбеки, живущие главным образом в Ходжентской области.
По инициативе России в соответствии с договором с Таджикистаном и соглашением Совета глав государств СНГ в октябре 1993 г. в страну были введены коллективные миротворческие силы. В их состав вошли 201-я дивизия и пограничные отряды России и по батальону от Казахстана, Киргизии и Узбекистана. Их задачей была в основном охрана таджикско-афганской границы, охрана конвоев с гуманитарной помощью и жизненно важных объектов, ликвидация минных полей.
В результате шести раундов переговоров, занявших несколько лет, в июне 1997 г. Э. Рахмонов и лидер ОТО Саид Нури подписали в Москве соглашение об установлении мира и национального согласия. В соответствии с этим соглашением, 30 % мест в органах власти на всех уровнях было передано оппозиции, объявлена амнистия тем, кто не был замешан в терроре, разбое и убийствах мирного населения, разоружено около 7 тыс. боевиков, внесены поправки в конституцию и достигнуто соглашение о будущих выборах. Значительная часть экономики перешла под влияние лидеров ведущей в ОТО Партии исламского возрождения Таджикистана (ПИВТ). На родину из Афганистана, Пакистана, Ирана, России и других стран СНГ смогли вернуться более 800 тыс. беженцев.