Кадровая проблема по-прежнему оставалась острой. Для качественной подготовки офицеров нужны были годы учебы и практической работы на командных должностях. Военно-учебные заведения, понеся серьезный урон от репрессий, лишившись многих опытных преподавателей, не могли в короткие сроки дать армии достаточное число квалифицированных офицеров. Количество военных академий и училищ постоянно расширялось. С июля 1939 г. по декабрь 1940 г. открылось 77 военных училищ, к лету 1941 г. действовало 203 училища и 68 курсов усовершенствования, где обучалось свыше 300 тыс. курсантов. Подготовку офицеров с высшим и специальным образованием вели 19 академий, 10 военных факультетов при гражданских вузах и 7 высших военно-морских училищ. Во всех командных академиях были восстановлены вечерние и заочные отделения. В 1941 г. в военных академиях обучалось 20300 человек (в 1939 г. — 11 500). Для переподготовки офицеров запаса сеть специальных курсов увеличилась с 22 до 93, а их емкость возросла в 9 раз. Но потребности армии выросли еще больше. Поэтому до начала войны так и не удалось ликвидировать некомплект начальствующего состава.
5 мая 1941 г. в речи перед выпускниками военных академий Сталин признал, что учебные заведения по уровню оснащения современной техникой отстают от армии, однако он уклонился от анализа причин этого явления, сведя все к консерватизму преподавателей и нерасторопности снабжающих органов.
По качественным параметрам Красная Армия в 1941 г., безусловно, уступала фашистскому вермахту. Германскую армию отличали высокая дисциплина, прекрасная боевая выучка, первоклассная военная техника, опыт ведения современной войны, умение офицеров и генералов управлять войсками в сложных условиях, хорошее взаимодействие частей и соединений различных родов войск. Все это делало вермахт сильнейшей армией мира.
Летом 1940 г. Гитлер принял твердое решение об уничтожении СССР, время нападения зависело от продолжительности кампании: «Чем скорее мы разобьем Россию, тем лучше. Операция будет иметь смысл только в том случае, если мы одним стремительным ударом разгромим все государство целиком. Только захвата какой-то части территории будет не достаточно. Остановка действий зимой опасна. Поэтому лучше подождать, но принять твердое решение уничтожить Россию… Начало — май 1941 г. Продолжительность операции — пять месяцев. Было бы лучше начать уже в этом году, однако это не подходит, так как осуществить операцию надо одним ударом. Цель — уничтожение жизненной силы России».
После тщательной проработки и детального обсуждения нескольких вариантов войны против СССР к концу 1940 г. был подготовлен и 18 декабря утвержден план, получивший наименование «Барбаросса». Уже 29 декабря советская разведка сообщила в Москву основное содержание этого документа. К сожалению, эти сведения, как и многие другие сообщения разведки, не были по достоинству оценены советским руководством. Сталин полагал, что Гитлер не начнет войну против СССР, предварительно не разгромив Великобританию или, по крайней мере, не заключив с ней договор о мире. Решимость правительства У. Черчилля продолжать с Германией войну до победного конца, в свою очередь, убеждала Сталина в необходимости никоим образом не провоцировать Гитлера, чтобы не лишиться в лице Великобритании потенциального союзника, если Гитлер все-таки развяжет войну против СССР.
В Генеральном штабе Наркомата обороны СССР оперативные планы войны с Германией разрабатывались и уточнялись несколько раз. Летом 1940 г. был подготовлен новый вариант, в соответствии с которым главный удар немцев следовало ожидать на центральном участке советско-германской границы, поэтому основные силы Красной Армии предлагалось сосредоточить в Белоруссии. При обсуждении плана Сталин высказал иную точку зрения, полагая, что противник нанесет главный удар на юго-западе, чтобы захватить наиболее богатые сырьевые, промышленные и сельскохозяйственные районы Украины, а затем — нефтеносные районы Кавказа.
Генштаб переработал план, теперь главные силы Красной Армии сосредоточивались на Украине. В феврале 1941 г. началась интенсивная переброска немецких войск на территорию Польши и Восточной Пруссии. Советская сторона не могла безучастно наблюдать за этим. Наркомат обороны и Генштаб неоднократно обращались в правительство с предложением провести частичную мобилизацию, укомплектовать войска приграничных округов до штатов военного времени и завершить оборудование укрепленных районов на границе. Руководители военного ведомства (С.К. Тимошенко и Г.К. Жуков), видя концентрацию войск противника на наших границах, ясно представляли, что за этим последует и пытались переубедить главу правительства, пребывавшего в плену своих ложных военно-политических прогнозов. Но в условиях режима личной власти принятие важнейших решений зависело не от профессионалов, а от узкого круга кремлевских политиков.