Наркомат обороны получил задание сформировать к 1 августа 56 стрелковых и 10 кавалерийских дивизий. Областным комитетам ВКП(б) и ЦК компартий союзных республик были направлены шифровки с требованием оказать всемерную помощь военному командованию в обеспечении новых дивизий всем необходимым. Поскольку большая часть оружия, обмундирования, снаряжения находилась на складах, расположенных возле западных границ, и была потеряна в первые же дни войны, вооружение и оснащение новых дивизий были крайне затруднены. Командование военных округов должно было изыскать вооружение на окружных складах и ремонтных базах, а также изъять из добровольной оборонной организации Осоавиахим учебное и боевое оружие, транспорт и часть подготовленного командного состава. Промышленные наркоматы получили задание изготовить и поставить Красной Армии в третьем квартале сверх плана по 2 млн. пар шаровар и гимнастерок, по 1 млн. шинелей, телогреек, армейских валенок и ушанок, 500 тыс. пар сапог, 900 тыс. котелков и другое имущество.
При формировании и боевой подготовке новых соединений возникали трудности иного рода. В ряде союзных и автономных республик значительная часть населения коренной национальности слабо владела русским языком, что очень затрудняло их военное обучение и удлиняло период создания и боевой подготовки частей. Выход был найден. Началось формирование грузинских, армянских, азербайджанских, казахских, татарских и башкирских дивизий и бригад. Создание литовской, латышской и эстонской стрелковых дивизий проводилось также с учетом политических проблем, которые придется решать после освобождения этих республик от фашизма. По подсчетам историка Н.А. Кирсанова, всего в качестве национальных было сформировано 2 корпуса, 20 стрелковых и 20 кавалерийских дивизий, 15 стрелковых бригад, 2 стрелковых полка и 1 авиационный, 2 отдельных стрелковых батальона и 1 авиаэскадрилья. Боевая подготовка и воспитательная работа в национальных частях осуществлялись на языке коренной национальности, что значительно сокращало сроки военного обучения. Впоследствии многие национальные формирования отлично сражались за многонациональный Советский Союз, за что были удостоены многих наград и почетных наименований.
Задача подготовки пополнений для фронта, несмотря на огромные трудности, была успешно решена. С 22 июня по 1 декабря 1941 г. в действующую армию были направлены 291 дивизия и 94 бригады, что позволило военному командованию своевременно возместить понесенные потери.
Вопрос о стратегическом руководстве в будущей войне не был проработан в предвоенный период, поэтому создание Ставки Главного Командования 23 июня явилось результатом импровизации. Поскольку решающее слово при обсуждении любых вопросов всегда принадлежало Сталину, ему и предлагалось возглавить высший орган стратегического руководства. Но вождь уклонился от этого и назначил председателем Ставки наркома обороны Тимошенко, который при сложившейся тогда системе не имел права принимать окончательные решения и был вынужден обращаться за подтверждением к фактическому Главкому. Членами Ставки были Сталин, Молотов, маршалы Тимошенко, Ворошилов, Буденный, начальник Генштаба Жуков и нарком Военно-морского флота адмирал Кузнецов. При Ставке существовал институт постоянных советников из 13 человек: маршалы Кулик, Шапошников, генерал Мерецков, первый заместитель начальника Генштаба Ватутин, начальник ВВС Жигарев, начальник ПВО Воронов, кандидаты и члены Политбюро Микоян, Каганович, Жданов, Берия, Вознесенский, Маленков и начальник ГУПП Мехлис.
Получился громоздкий неуправляемый орган из 20 человек, половина которых были профессиональными военными, а остальные — политиками. В полном составе Ставка ни разу не собиралась. Уже на следующий день Мерецков был объявлен шпионом и оказался в камере Лубянки, а Жуков, Шапошников, Кулик, Ворошилов, Буденный и Мехлис отбыли на фронты. Воронов, Кузнецов и Жигарев приглашались на заседания лишь при обсуждении вопросов, входивших в их компетенцию. Поэтому маршал Тимошенко, не входивший в высшее политическое руководство страны, часто оказывался в нелепом положении. По свидетельству адмирала Н.Г. Кузнецова, члены Ставки, входившие в Политбюро, совсем не собирались подчиняться Тимошенко, а требовали от своего номинального руководителя докладов, информации и даже отчета о действиях. Такое ненормальное положение не могло продолжаться долго, и 10 июля создается Ставка Верховного Командования под председательством Сталина. Вместе с ним членами высшего органа стратегического руководства стали Молотов, Жуков, Буденный, Ворошилов, Тимошенко и Шапошников. Институт постоянных советников упразднялся. С 8 августа Сталин стал именоваться Верховным Главнокомандующим.