Боевые действия на фронтах разворачивались совсем не так, как представлялось до войны. Попытки советского командования остановить продвижение немецких войск и отбросить их за линию государственной границы потерпели неудачу. Спешно организованные контрудары механизированных корпусов лишь ненадолго задержали противника, привели к большим потерям, но не спасли положения. Против 5 советских дивизий первого эшелона приграничных округов, растянутых на огромном фронте, противник бросил 149 дивизий. Если же учесть, что ударные немецкие группировки были сконцентрированы против слабо защищенных участков нашей обороны, то их преимущество становилось подавляющим.
Несмотря на героическое сопротивление советских войск, немецкие танковые клинья прорывали нашу оборону и устремлялись в глубь страны, захватывая огромные трофеи и уничтожая сначала дивизии первого эшелона, затем — второго и, наконец, обрушиваясь на резервы округов.
В первые дни войны командующие фронтами из-за разрушения линий связи и частичной потери управления войсками сами не имели достоверных сведений об истинном положении дел и нередко сообщали в Ставку явно завышенные данные о потерях противника. Эти доклады поддерживали уверенность Сталина в скорейшем поражении немцев. Он не верно представлял себе масштабы постигшей страну катастрофы и те силы, которые действительно могли бы разгромить врага, поэтому он ставил перед войсками нереальные задачи, требуя их выполнения в невероятно короткие сроки. Эти некомпетентные указания привели к напрасной растрате сил и средств.
По мнению маршала Жукова, в этот период Сталин слабо разбирался в вопросах военной стратегии и еще хуже в оперативном искусстве, имел весьма поверхностное представление о взаимодействии различных родов войск, требовал вводить в сражение все новые и новые части, многие из которых еще не закончили обучения и формирования. На доводы военных, что это повлечет за собой излишние потери, Сталин отвечал: «Нечего хныкать, на то и война». Пренебрежение опытом профессионалов и попытки проявить свое личное оперативно-стратегическое творчество вели к неоправданным людским и территориальным потерям.
К исходу первой недели войны стало ясно, что остановить врага в ближайшее время не удастся, поэтому нужны серьезные меры по перестройке всей жизни страны на военный лад. Члены Политбюро Молотов и Микоян и секретарь ЦК Щербаков подготовили проект директивы СНК СССР и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей, которая требовала подчинить интересам фронта всю деятельность тыла, организовать всестороннюю помощь действующей армии, снабдить ее всем необходимым, оперативно провести мобилизацию людей и эвакуацию материальных ценностей, а в занятых врагом районах создавать партизанские отряды и диверсионные группы. Сталин и Маленков тщательно отредактировали представленный документ, и 29 июня директива была разослана на места.
В тот же день Сталин дважды приезжал в Наркомат обороны и в Ставку. Накануне войска немецкой группы армий «Центр» захватили столицу Белоруссии Минск и окружили значительную часть войск нашего Западного фронта. В результате падения Минска произошло серьезное ухудшение военно-стратегической обстановки. Когда вечером 29 июня в здании Наркомата обороны внезапно появились члены Политбюро во главе со Сталиным, это вызвало некоторое замешательство среди военных. Подробности данного визита сообщили впоследствии Молотов и Микоян. Когда Жуков доложил об очередном отходе войск и о потере связи с Минском, Сталин вскипел: «Что за Генеральный штаб, что за начальник штаба, который так растерялся, что не имеет связи с войсками, никого не представляет и никем не командует».
После взаимных упреков и оскорблений гражданским лицам было предложено покинуть Наркомат обороны и не мешать военным изучать обстановку и принимать решения. В любое другое время расправа последовала бы немедленно. Лишь перед угрозой военного поражения острый конфликт между высшей государственной властью и руководством вооруженных сил смог разрешиться кадровыми перестановками. По пути во внутренний двор Наркомата Берия возбужденно нашептывал хозяину об опасности военного переворота. Выйдя из здания, Сталин заявил своим соратникам об отказе от руководства страной и уехал из Москвы на дачу. (При этом он, правда, решил подстраховаться, направив подальше от столицы наиболее авторитетных военачальников: Тимошенко получил назначение командующего войсками Западного фронта, а заместители Жукова генерал-лейтенанты Ватутин и Баландин стали начальниками штабов фронтов. Жуков оставался во главе Генштаба еще ровно месяц и был снят с этой должности после очередного конфликта с вождем.)