Первое время исполнительные государственные структуры находились в состоянии растерянности. Конечно, зная состав участников думской ассамблеи, правительство не питало особых иллюзий. Однако столь резкий антиправительственный тон думского собрания, беспощадные и оскорбительные выпады по адресу отдельных лиц и государственных учреждений, принятые большинством депутатов, оказались неожиданными. Но правительство не оставляло надежд на сотрудничество и выказывало Думе явные знаки внимания. Перед депутатами выступали глава кабинета, министры. Согласно закону, Дума была наделена правом делать запросы высшим инстанциям о неправомочных действиях лиц и учреждений. Это стало любимым занятием большинства. Достаточно было столичной газете написать о «произволе» властей, привести какие-то «факты» (в большинстве своем сфабрикованные бойкими «мастерами пера»), как тут же следовал запрос, и перед негодующей толпой народных избранников представало высшее должностное лицо. И начиналось своего рода судилище.
Для высших сановников это часто было настоящим потрясением. Но находились и такие, кто смело «шел в бой», спокойно и аргументированно отвечал на выпады и этим поддерживал престиж власти. Первое место в этом ряду занимал новый министр внутренних дел, которому неоднократно пришлось пройти «думское чистилище». Он не оправдывался (как делали многие другие), а излагал факты и свои взгляды по различным вопросам. Выступая 8 июня 1906 г., П.А. Столыпин говорил с думской трибуны: «Власть не может считаться целью. Власть — это средство для охранения жизни, спокойствия и порядка; поэтому, осуждая всемерно произвол и самовластье, нельзя не считать опасным безволие правительства. Не нужно забывать, что бездействие власти ведет к анархии, что правительство не есть аппарат бессилия и искательства. Правительство — аппарат власти, опирающейся на законы, отсюда ясно, что министр должен будет требовать от чинов министерства не только осмотрительности, осторожности и справедливости, но и твердого исполнения своего долга и закона».
Первая Дума просуществовала чуть больше двух месяцев и основную часть времени уделила обсуждению самого жгучего вопроса социальной жизни — аграрного. Центром обсуждения стало два проекта. Первый внесли кадеты. Он предусматривал дополнительное наделение крестьян землей за счет земель казенных, монастырских, удельных, а также за счет частичного отчуждения частновладельческих земель за выкуп «по справедливой (но не рыночной) оценке». Второй проект внесла фракция трудовиков. Он носил еще более радикальный характер и предусматривал отчуждение помещичьей земли, превышающей «трудовую норму», создание «народного земельного фонда» и введение уравнительного землепользования. Обсуждение этих предложений вылилось в громкое обличение общественного строя. Поднимавшиеся на трибуну ораторы негодовали и произносили эмоциональные монологи о том, что «простой труженик» почти лишен «средств пропитания», в то время как правительство защищает и охраняет интересы и привилегии помещиков.
В этих обвинениях была своя правда. Но правда была и в том, что простым перераспределением земельных наделов аграрный вопрос в России решить было нельзя. Требовалось не просто у одних отнять, а другим дать; необходимо было изменить не столько размер землевладения, сколько качество землепользования, которое отличалось допотопным обликом, чрезвычайно низкой эффективностью, позволявшей крестьянам существовать на уровне минимальной достаточности. Для коренной модернизации требовалось не отнимать землю, а создавать крепкого индивидуального землевладельца, умевшего и желавшего вести современное аграрное производство, стабильно нацеленное на рынок.
Царь был категорическим противником всех форм отчуждения собственности, не без основания считая, что потакание низменным инстинктам толпы безответственно, что какое-либо покушение на незыблемость прав собственности чревато непредсказуемыми социальными потрясениями, что любое «частичное изъятие» создаст сокрушительный прецедент. Противники громогласно обвиняли царскую власть в том, что она стоит на страже «интересов помещиков и капиталистов», но на самом деле монарх стоял на страже принципа неприкосновенности частной собственности и этому убеждению он был верен всегда.
Правительство болезненно реагировало на направление деятельности Государственной думы и 20 июня выступило с заявлением, в котором говорилось о неприкосновенности частной собственности на землю. 9 июля 1906 г. Первая Государственная дума была распущена и объявлены новые выборы. На следующий день группа кадетов и трудовиков собралась в Выборге, где опубликовала так называемое «Выборгское воззвание», в котором в знак протеста «против роспуска народного представительства» население призывалось к пассивному сопротивлению: не платить налоги, избегать рекрутской повинности, а зарубежные правительства призывались не предоставлять России займы. Эта акция никакого успеха не имела.