Вскоре после этого Михаила Ивановича утвердили заместителем начальника военных трибуналов Народного комиссариата юстиции СССР. В апреле 1942 становится председателем военного трибунала Брянского фронта, а в октябре 1943 — 2-го Прибалтийского фронта. В августе 1945 утверждается в должности председателя военного трибунала Прибалтийского военного округа. После неудачного выступления на открытом партийном собрании 20 декабря 1949 (в связи с 70-летием И. В. Сталина), на котором он «сболтнул» лишнее, Панкратьева смещают с занимаемого поста и в октябре 1950 отправляют в отставку. Попутно ему объявляют еще и строгий выговор с предупреждением от Секретариата ЦК ВКП(б). После этого никакой номенклатурной должности он уже не занимал.
М. И. Панкратьев был депутатом Верховного Совета РСФСР 1-го созыва, награжден двумя орденами Ленина и двумя орденами Красного Знамени, имел воинское звание генерал-майора юстиции.
М. И. Панкратьев скончался 23 сентября 1974; урна с прахом захоронена в колумбарии Донского кладбища в Москве.
В отличие от А. Я. Вышинского, часто пускавшего пыль в глаза и делавшего ставку на раскручивание помпезных судебных процессов, Панкратьев занялся будничной, повседневной работой органов прокуратуры. Он провел несколько важных мероприятий, в частности, при нем состоялись 1-е Всесоюзное совещание прокуроров по общему надзору, а также всесоюзные совещания прокуроров морского и речного флотов, уголовно-судебных отделов органов прокуратуры и некоторые другие.