Вскоре после завершения совещания было ликвидировано Второе управление Генеральной прокуратуры РФ, а спецпрокуратуры войсковых частей — переименованы и переданы в подчинение прокуратурам областей, г. Москвы и Центральному аппарату. В марте 2001 года упразднены транспортные прокуратуры на правах областных, а транспортные прокуратуры (приравненные к прокуратурам районов) подчинены прокурорам субъектов Российской Федерации, на территории которых они расположены. Произведена и реорганизация Научно-исследовательского института проблем укрепления законности и правопорядка при Генеральной прокуратуре Российской Федерации.
Пропуск Евгения Адамова
В конце 2001 года В. В. Устинов лично поддержал государственное обвинение по делу известного террориста Радуева и его сообщников.
11 февраля 2002 года в Генеральной прокуратуре РФ состоялась расширенная коллегия, на которой вновь присутствовал и выступал Президент России В. В. Путин.
В 2005 году Генеральная прокуратура смогла добиться выдачи из швейцарской тюрьмы бывшего руководителя Мин атома Евгения Адамова, помешав таким образом его передаче американскому правосудию и потенциальному разглашению российских ядерных секретов.
В 2006 году с подачи Генпрокуратуры Госдума приняла в первом чтении законопроект о восстановлении института конфискации имущества.
В период работы В. В. Устинова комплекс зданий центрального аппарата Генеральной прокуратуры РФ пополнился еще одним владением представительского класса, которое разместилось на Большой Дмитровке, 17а.