Вступая в должность Генерального прокурора РФ и выступая 23 июня 2006 года в Совете Федерации перед голосованием, Ю. Я. Чайка назвал шесть приоритетных направлений, по которым, как он считал, следует строить работу органов прокуратуры в современных условиях:
1) правозащитная функция;
2) сопровождение реализации приоритетных национальных проектов;
3) повышение координации правоохранительных органов в борьбе с преступностью и усиление законности при проведении следствия и дознания;
4) борьба с коррупцией;
5) углубление международного правового сотрудничества;
6) проведение политики прозрачности и открытости в дея тельности прокуратуры.
В соответствии с заявленными приоритетами была перестроена работа органов прокуратуры, изменилась структура центрального аппарата Генеральной прокуратуры РФ.
В частности, появились Главные управления, впервые было создано также Управление по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции. Полностью восстановлена ранее упраздненная система транспортных прокуратур, что значительно способствовало укреплению законности на транспорте.
В глобальной сети Интернет был создан современный и удобный для пользователей сайт Генеральной прокуратуры РФ, который впервые стал осуществлять прием интернет-обращений граждан.
Впервые в новейшей истории органов прокуратуры в ноябре 2006 года в Кремле было проведено расширенное Всероссийское координационное совещание руководителей правоохранительных органов всех субъектов РФ. Руководил им лично Президент Российской Федерации В. В. Путин.
В самом конце 2006 года также началось масштабное реформирование органов прокуратуры с целью выделения следствия в отдельную самостоятельную структуру. В этой связи следует отметить, что за создание самостоятельного Следственного комитета, как уже ранее отмечалось, ратовал еще в 1991 году последний Генеральный прокурор СССР Н. С. Трубин. Сам проект закона «О Следственном комитете Российской Федерации» был внесен на рассмотрение в Верховный Совет РФ в 1993 году, однако в те годы идея о создании единого следственного органа воплощения не получила.